（五）统一组织实施
项目计划批复下达后，县级财政部门要会同有关业务主管部门统一组织实施项目，统一协调项目建设，统一管理项目资金运行，统一项目竣工验收。未经统一规划、设计的项目任何单位和个人都不得擅自开工，否则一概不予拨付资金。规划设计要严格执行国家或省部级的现行行业标准。
涉农整合项目实行合同制管理。实施单位应按项目实施要求和设计编制项目实施方案，并报项目主管部门审核。方案应科学合理、切合实际，要明确施工组织机构及职责分工、工期安排、工程质量保障体系等。实施方案经审核合格后，主管部门与实施单位双方要及时签订项目建设合同书，并报领导组办公室审核备案。合同应明确项目名称、施工地点、建设内容与规模、技术质量要求、工程期限、验收办法及付款方式、各方职责与违约责任等，合同双方要严格按合同条款履行各自的职责。
项目实施完毕后，由项目单位写出项目竣工报告、自验报告和验收申请，分别报项目主管单位和财政局。自验报告内容主要包括项目总投资情况、财政资金和自筹资金到位情况、资金管理和工程实施情况、工程预决算情况、项目绩效分析等内容。
项目主管单位和财政局收到项目单位上报的工程自验报告和验收申请后，要组织专人对项目实施情况进行验收。验收合格后，由项目主管单位出据项目验收报告，并由参加验收的人员签字后报送项目实施单位、主管单位和财政局主管科（股）室各一份。工程不合格的不予验收，待整改完善之后，重新组织验收。经验收合格财政予以拨付资金，否则不予拨付资金。
四、资金管理与监督
整合的涉农项目资金实行“多个渠道进水、一个池子蓄水、一个龙头放水”的新的资金筹集和管理机制。
（一）设立财政专户
市、县两级财政部门都应设立整合涉农资金专户，用于核算列入本级支出的涉农资金。整合的涉农项目资金实行专户管理，单独核算，封闭运行。
整合涉农资金专户由各级财政总预算会计在国有商业银行开设。凡属贫困县的资金专户，可在支农扶贫资金报账专户项下设立分户进行核算，不再重复设专户。其他县市区财政局可在本地国有商业银行开设专户。
各级财政部门对列入本级支出的整合的涉农项目资金实行专项调度，要根据预算指标下达情况和项目报帐进度及时向整合涉农资金专户调度资金以保证报帐需要。
