第十四条 主管地方税务机关应认真审核纳税人提供的证明凭证、资料是否真实有效；审核《鉴证报告》的真实性；格式的规范性；内容的齐全性，内容应包含开发项目总建筑面积、批准总销售面积、企业总自用面积、总配套设施面积、项目分类用途情况、允许分摊的配套设施面积、本次土地增值税清算面积，审核各表格扣除项目内容与相关资料的关系等。主管地方税务机关有权对《鉴证报告》的工作底稿进行抽查和检查。
第十五条 清算项目销售收入的确定。销售收入是指销售商品房所取得的全部价款及有关的经济收益。收入的确认重点审核企业预售款和相关的经济收益是否全部结转为销售收入，同时应审核向购买方收取的房价款中是否包含代收费用。
对房地产开发企业将开发的商品房用于赞助、职工福利、奖励、对外投资、分配给股东或投资人、抵偿债务、换取其他单位和个人的非货币性资产等行为，发生所有权属转移时应视同销售房地产，取得其收入确定由主管地方税务机关按照当期同类区域、同类房地产的市场价格核定。
对纳税人转让房地产无法提供收入资料或提供收入资料不实造成成交价格明显偏低的，收入确定由主管地方税务机关依照上述方法的市场价格核定。
第十六条 对清算项目扣除项目金额的确定，按照《
中华人民共和国土地增值税暂行条例》和《
中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》的规定计算，发生的各项成本和费用应按实际发生额确认扣除；对纳税人无法提供合法有效凭证的，不予扣除；各项预提（或应付）费用不得包括在扣除项目金额中。
第十七条 纳税人应向税务机关提供合法有效凭证，方可据实扣除项目金额的范围如下：
（一）纳税人为取得土地使用权所支付的地价款和按国家统一规定交纳的有关费用。
（二）纳税人在房地产开发过程中实际发生的土地征用费用、耕地占用税、拆迁地上地下建筑物和附着物的拆迁费用、解决拆迁户住房和安置被拆迁者工作的安置及补偿费用等支出。
（三）纳税人在销售房地产过程中缴纳的营业税、城市维护建设税和教育费附加。
第十八条 对开发土地和新建房及配套设施的成本（简称开发成本）中的前期工程费、建筑安装工程费、基础设施费、开发间接费用等，按实际发生额据实扣除。对纳税人进行土地增值税清算时，有下列情况之一的，税务机关应按核定办法扣除：
（一）无法按清算要求提供开发成本核算资料的；
（二）提供的开发成本资料不实的；
（三）发现《鉴证报告》内容有问题的；
（四）虚报房地产开发成本的；
（五）清算项目中的前期工程费、建筑安装工程费、基础设施费、开发间接费用的每平方米建安成本扣除额，明显高于北京市地方税务局制定的《分类房产单位面积建安造价表》中公布的每平方米工程造价金额，又无正当理由的。
第十九条 地方税务机关根据建设部门定期公布的建安指导价格，结合商品房用途、结构等因素制定《分类房产单位面积建安造价表》，并据此核定第十八条所列四项开发成本的扣除额。《分类房产单位面积建安造价表》及核算方法，由市地方税务局另行制定下发。
第二十条 公共配套设施费的扣除范围确认，以房地产开发中必须建造、但不能有偿转让的非营利性的社会公共事业设施所发生的支出确定。非营利性的社会公共事业设施主要是指：物业办公场所、变电站、热力站、水厂、居委会、派出所、托儿所、幼儿园、学校、医院、邮电通讯、自行车棚、公共厕所等。由于各开发项目配套设施情况不同，必须先确定允许扣除的配套设施面积后再计算分摊。
对于成片开发分期清算项目的公共配套设施费用，在先期清算时应按实际发生的费用进行分摊。
对于后期清算时实际支付的公共配套设施费用分摊比例大于前期的金额时，允许在整体项目全部清算时，按照整体项目重新进行调整分摊。
第二十一条 对开发土地和新建房及配套设施的费用（销售费用、管理费用、财务费用）扣除的确定，对财务费用中的利息支出凡能够按清算项目计算分摊并提供金融机构证明的，允许据实扣除，但最高不能超过按商业银行同类同期贷款利率计算的金额。其他房地产开发费用，按取得土地使用权所支付的金额和房地产开发成本计算的金额之和的5％计算扣除。
对财务费用中的利息支出凡不能按清算项目计算分摊或提供金融机构利息证明的，利息不能单独扣除，房地产开发费用采用按率扣除的方法，以取得土地使用权所支付的金额和房地产开发成本计算的金额之和的10％进行计算扣除。
第五章 清算管理
第二十二条 各区县地方税务局要做好土地增值税的清算管理工作，认真查验和审核清算企业报送的《鉴证报告》内容及相关资料，在审查清算项目过程中因鉴证事项或其他问题需要纳税人进一步补充与清算项目相关的证明资料时，决定暂停清算，应向纳税人开具《土地增值税清算中止核准通知书》（附件7），待纳税人重新补充证明资料后，再办理税款清算手续。对纳税人不能按主管税务机关规定期限提交补正材料的，应将清算项目资料移交给税务稽查部门，由稽查部门进行清算工作。
第二十三条 主管地方税务机关经过清算审核后，对清算项目需要进行纳税评估的，应将全部资料移交纳税评估部门进行清算评估工作，经过纳税评估后，决定对纳税人申请的清税项目不予核准，需转入检查程序进行检查的，应向纳税人开具《土地增值税清算终止核准通知书》（见附件8）送达纳税人，并将全部清税资料移交稽查部门，按照有关规定进行稽查检查工作。
第二十四条 主管地方税务机关在清算项目审核中，发现有下列情况的之一的，应将全部资料移交纳税评估或稽查部门进行清算工作。
（一）纳税人办理清税时，报送的《鉴证报告》内容不规范，退回重报后，《鉴证报告》仍不符合要求的；
（二）纳税人办理清税时，提供《鉴证报告》需要退税的；
（三）纳税人未按土地增值税政策规定预缴税款的。
第二十五条 地方税务机关在清算审核、纳税评估、稽查检查工作中，发现纳税人有下列情况之一的，可以按确定的销售收入进行核定征收土地增值税（征收率另行制定）。
（一）依照法律、行政法规的规定应当设置财务帐簿未设置的；或虽设置财务帐簿，但帐目混乱，销售收入、成本材料凭证残缺不齐，难以确定销售收入或扣除项目金额的；
（二）擅自销毁帐簿的或者拒不提供纳税资料的；
（三）符合土地增值税清算条件，未按照规定期限办理清算手续，经税务机关责令限期改正，逾期仍不清算的；
（四）纳税人未如实进行土地增值税清算申报，计税依据明显偏低，又无正当理由的。
第二十六条 主管地方税务机关通过清算审核对清算项目需要进行核定征收的，应向纳税人开具《土地增值税清算终止核准通知书》和《土地增值税核定征收通知书》（见附件9）送达纳税人。
地方税务机关通过对房地产开发项目纳税评估或稽查检查需要进行核定征收的，应向纳税人开具《土地增值税核定征收通知书》送达纳税人。
第二十七条 经地方主管税务机关清算审核后，需办理退还土地增值税手续的，依照《北京市地方税务局退税管理暂行办法》（京地税征〔2003〕686号）规定的程序办理退税手续。
第二十八条 主管税务机关负责将清算工作中形成的资料与原保存的该项目税务资料按照《北京市地方税务局税务档案管理办法》（京地税档〔2004〕73号）的有关规定合并立卷。对于成片开发分批清算土地增值税的项目，应在全部办理清算土地增值税税款工作后再进行归档。
第六章 对中介机构的管理
第二十九条 房地产开发企业土地增值税清算专项鉴证业务，可由纳税人委托具有主管部门批准资质的中介机构进行。
第三十条 中介机构应对不同用途的房地产开发清算项目所涉及的收入、成本、费用等情况加以区分并说明情况。
第三十一条 中介机构对清算项目的总体基本情况、不同用途的面积划分情况、销售收入、成本及费用等情况进行鉴证。中介机构应按税务机关规定的《鉴证报告》范本和内容对鉴证情况出具《鉴证报告》，供税务部门参考，并接受税务机关要求提供清算项目鉴证工作底稿的查验核实工作。
第三十二条 对中介机构出具的《鉴证报告》，经税务机关审核退回后，仍未达到清算要求的，将不允许再从事土地增值税清算鉴证业务工作。
第七章 清算处罚
第三十三条 对房地产开发企业纳税人存在未及时、如实进行土地增值税清算申报、提供虚假纳税资料、偷税等税收违法行为的，按照《
中华人民共和国税收征收管理法》第
六十二条、
六十三条、
六十四条等有关规定进行处罚。
