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（一）指导思想
“十一五”期间，我市科技发展总的指导思想是：坚持以邓小平理论、“三个代表”重要思想和党的十六届五中全会精神为指导，全面贯彻落实科学发展观，认真实施科教兴市和人才强市战略，按照“自主创新、重点跨越、支撑发展，引领未来”的新时期科技工作指导方针，紧紧抓住东南沿海产业转移升级、国家实施“中部崛起”战略和武汉城市圈建设等发展机遇，围绕建设创新型黄冈、节约型黄冈及环境友好型黄冈的目标，始终把增强自主创新能力作为全市科技工作的首要任务，强化科技对经济社会生态环境发展的支撑及推动功能，为加快黄冈经济社会发展和赶超全省发展水平提供科技支撑。
（二）发展目标
总体目标：
自主创新能力明显增强，初步建立适应市场经济发展需求的技术开发体系，建立布局合理的科技组织网络和多元化的科技投入体系；提高科技对经济与社会发展的支撑力，大幅度提升工业技术水平，推进新型工业化，快速发展高新技术产业，显著提高农业与农村科技水平，促进人口、资源、环境的协调发展；科技进步对经济增长的贡献率达到50%。
具体目标：
1、工业技术水平大幅度提升。以制造业信息化为重点，加速应用高新技术改造传统产业。全市规模以上工业企业采用高新技术的比重达到50%以上，工业主要技术装备及综合技术水平达到国内先进水平。“十一五”末，全市产品抽检合格率达95%以上；重点企业质量体系通过ISO9000系列认证；主导产品质量达到国内一流水平或赶上国际先进水平；创一批市级名牌产品；高新技术企业达到80户以上，新型工业化进程明显加快。
2、高新技术产业快速发展。“十一五”末，高新技术产业增加值达到34亿元，占工业增加值的比重达到20%以上；高新技术产品出口额占全市出口额的25%；建设1～2个省级工程技术中心和一定数量的企业技术开发中心；发展一批销售额过亿元的企业，形成几户销售额超过10亿元的龙头骨干企业或集团；高新技术产业园区总产值占全市高新技术产业总产值的30%。
3、农业与农村科技水平显著提高。到2010年，我市农业主导产业的技术达到国内先进水平，科技总体水平与国际先进水平的差距缩短，国际竞争力显著提高。重点选、引、推动植物新品种（系）20个，开发推广产业化生产技术成果20项，培育科技型龙头企业20户，建设市以上农业科技园区2处，无公害标准化特色农业科技产业基地20处，按标准生产的农产品品种20个以上，主要农作物良种覆盖率95%以上，主要畜禽良种覆盖率85%以上，适用技术覆盖率85%以上。基本解决当前农业结构、质量效益、生态环境等方面的科技问题。
4、科技自主创新能力明显增强。建立以企业为主体的技术创新体系，重点抓好省级企业技术中心建设，全市规模以上工业企业普遍建立技术开发机构；在创建省级以上重点实验室、工程技术中心和中试基地方面有所突破，明显改善科技基础条件。
5、知识产权保护及科技服务体系趋向完善。加强科技创新源头建设。“十一五”期间，全市市级以上科技成果累计300项，专利申请量1200件。全市各级知识产权管理部门工作普遍得到加强。专利中介服务机构得到进一步发展。全市有1～2家产权清晰、队伍精良、服务高效、诚信度高的专利代理与服务机构。知识产权特别是专利事业发展的政策配套完善，专利技术产业化进程明显加快，对国民经济发展的贡献明显提高。
6、科技人才队伍发展壮大。“十一五”末，我市各类科技人才总量达到18万人，每万人拥有246人，年均增长6.9个百分点。其中，第一产业增加13%，第二产业增加15%，第三产业增加72%。
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