（一）坚持以家庭承包经营为基础的原则。农民加入专业合作经济组织，不改变农村土地的集体所有权和承包关系，不影响生产经营自主权和农民家庭财产所有权。
（二）坚持“民办、民管、民受益”的原则。“民办”是指以农民为主体，合作方式由农民选择，入组织自愿，退组织自由。“民管”是指成员地位平等，实行民主管理、民主决策、民主监督、民主制定章程，按章程办事，保障成员对组织各项事务的知情权、决策权和参与权。“民受益”是指通过合作经营和服务获取更高经济效益，按照盈余返还原则，增加成员收入，使农民真正得到实惠。
（三）坚持因地制宜，多样化发展的原则。要尊重群众创造，鼓励多种形式发展。可以是入股形式的紧密合作，也可以是入会形式的松散合作；可以是生产经营中某个环节的合作，也可以是产销一体化的合作；可以在本地、本专业范围内开展合作，也可以跨地域、跨所有制形式开展合作。
（四）坚持示范引导的原则。专业合作经济组织是一项新生事物，其发展需要一个过程，要充分尊重客观经济规律和农民意愿，不靠行政手段急于求成。通过试点示范，不断增强其对农民的凝聚力和吸引力，正确引导和积极促进专业合作经济组织的健康发展。
（五）坚持市场运作和政府扶持相结合的原则。发展农民专业合作经济组织，既要按照市场规律办事，又要坚持正确引导和政策扶持，做到推动不强迫、扶持不干预、参与不包办。（六）坚持依法保护的原则。按照《
农业法》、《
农民专业合作社法》、《
农村土地承包法》、《
土地管理法》等法律法规规定，加大对农民专业合作经济组织的保护力度，进一步明确农民专业合作经济组织的法律地位，坚决禁止任何单位和个人向农民专业合作经济组织乱集资、乱摊派、乱收费，切实保护农民专业合作经济组织的合法权益。
三、农民专业合作经济组织的组建类型及发展目标
（一）组建类型农民专业大户或经纪人发起，农民自愿参加而形成的专业合作经济组织，实行劳动与营销合作；各级科协牵头，引导农民兴办专业技术协会，引进新品种和新技术，提供技术培训，加强技术示范，统一技术标准，引导入会农民靠科技致富；配合产业化龙头企业建立生产基地，农民自发兴办专业合作经济组织，将农产品生产、加工、销售3个环节联为一体，通过龙头企业带动广大农户从事种养殖业生产；乡（镇）农技部门、供销社转制后兴办各类专业组织，通过发挥技术、资金、信息等方面优势，为农民提供服务。
