年度考核：以治理项目落实情况和环境质量改善情况为重点。
中期考核；除了年度考核的内容外，要对前期工作进行总结，分析和评估总量变化趋势，提出下一阶段工作的对策措施。重点考核总量削减目标完成情况。2008年为中期考核年。
验收考核：全面检查目标责任书的落实情况。 2010年为验收考核年。
考核指标和评分标准，见附件1、附件2(略)。
第七条 工业污染源治理项目以相关行政主管部门的验收报告作为项目完成的依据；城镇污水、垃圾处理设施以建设单位竣工验收报告和有关部门出具的认可文件或准许使用文件并报建设行政主管部门备案作为项目完成的依据；其他类项目以相关行政主管部门的验收报告或认可文件作为项目完成的依据。
第八条 产业结构调整和淘汰、关停项目的落实情况以地方政府的正式文件为依据。
环境综合整治项目完成情况以各市形成的正式文件及相关统计报告为依据。
第九条 主要污染物总量削减情况核定主要依据环保部门的环境统计数据进行计算，同时参考有关环境监测、排污申报及污染物总量削减项目完成情况等数据。
环境质量改善情况以环保部门的环境监测数据为依据。
第十条 排污许可证的发放管理情况、污染源在线监测装置的建设情况及环境信息发布情况等环境管理要求的落实情况以各市形成的上报文件和相关统计报告为依据。
第三章 考核方式
第十一条 自2006年起，各市人民政府按年度对本市政府与各县(市、区)和有关单位签订的目标责任书落实情况进行考核，考核结果于次年1月15日前报自治区环境保护局；自治区人民政府于每年第一季度组织对上一年度各市人民政府落实目标责任书的情况进行考核。
第十二条 由自治区环境保护局、监察厅等有关部门组成考核小组，并聘请有关专家组成技术组，采取随机抽查、重点核查、公众调查等方式对各市目标责任书的落实情况进行考核。
考核采取专家组技术评估和考核小组审核相结合的方式。
技术评估采用百分制计分，由专家组根据有关资料和现场核查情况对考核内容逐项进行打分，并提出评估意见报考核小组审核。
