四、科学设定补偿标准。各市区、开发区要坚持以收定支、量入为出、留有余地、逐步调整、保障适度的原则，在充分听取农民意见的基础上，根据基线调查、筹资总额和参加新型农村合作医疗后农民就医增加等情况，科学合理地调整起付线、封顶线和补偿比例，年度节余资金应控制在15%以内。既要防止补偿比例过高而透支，又不能因支付比例太低使基金沉淀过多，影响农民受益。
五、强化基金监督管理。各级财政要根据核定的用款计划，按期足额将资金拨付到位。各市区政府、开发区管委财政每季度对资金使用情况进行监测评估，防范透支风险。要健全新型农村合作医疗经费使用公示制度、资金跟踪管理制度以及年度审计制度，定期了解、检查专项基金的使用情况，接受社会及群众的监督，严禁挤占、挪用、贪污浪费或骗取合作医疗基金。
六、调整基金运行周期。各市区、开发区应将新型农村合作医疗基金运作周期与财政年度一致起来。到2007年，各市区、开发区年度运行周期统一调整为1月1日起，同年12月31日止。
七、加强镇村两级卫生服务体系建设。以镇卫生院和中心卫生室建设为重点，统一规划，分级负责，改善镇村卫生机构服务条件，增强服务能力。从2006年起，市财政每年拿出200万元资金，每年分批改造修缮10个卫生院，县级财政按1：1比例配套，5年内改造修缮结束；市级财政继续每年拿出100万元资金，县级财政按1：1比例配套，用于镇村一体化管理的224个中心卫生室建设，提升技术服务水平。同时，转换服务模式，开展医疗、预防、保健、康复、健康教育和计划生育技术指导“六位一体”的农村社区卫生服务，减少农村人口的疾病风险。
八、规范服务，努力控制和降低医药费用。取消县域内转诊手续，参加农村合作医疗的农民可以任选定点医疗机构就诊；多设报销点或上村、上门服务，主要以各镇（街道）农村合作医疗办公室为总报销点，在中心卫生室设立分报销点，农民持有效证件和单据就近报销；继续推行以规范用药、规范检查、规范收费为主要内容的一系列控费措施。鼓励市、县、镇三级医疗机构纵向联合，通过镇卫生院与县级以上医院签订协议，为参加农村合作医疗的农民就医提供优惠；充分发挥中医药“简、便、验、廉”的优点，推广应用中医药，新型农村合作医疗用药目录增加中成药品种，定点医疗机构运用中药和针灸、推拿等中医技术服务，上提10－20%的补偿。
