短期收入过渡户和收入户的开设由同级财政和卫生部门在共同认定的具有合法资质、管理规范、信誉良好、服务优良的金融机构设立。
征收单位设立的短期收入过渡户，主要用于暂存农民个人缴费收入、集体扶持收入；暂存该账户的利息收入及其他收入。并于每月旬末（上旬、中旬、下旬）将资金全部划入县级经办机构收入户。该账户除向县级经办机构划转资金外，不得发生其他支付业务。
经办机构设立的收入户，主要用于暂存由征收单位划入的资金收入；暂存该账户的利息收入及其他收入。并于每月月末将资金全部划入财政社保专户。该账户除向财政社保专户划转资金外，不得发生其他支付业务。
第十六条 社会、集体等组织捐赠的药品、器械等物资能及时兑现的，必须兑现入基金收入；不能及时兑现的捐赠物资，必须单独建立账册，登记管理。
第十七条 经办机构收取的农村合作医疗资金应及时缴入财政社保专户。缴存时，须填制银行进账单或划款凭证（一式多联），并填写收入项目和具体金额。各有关部门或机构凭该凭证记账。未按规定执行的，县（市、区）财政部门委托开户银行于月末将全部收入划入财政社保专户。
第四章 基金支付
第十八条 基金支出管理的原则是“以收定支、超支不补、结余留用”。
第十九条 基金要根据农村合作医疗的统筹范围，按照自治区、试点县（市）规定的项目和标准支出，任何地区、部门、单位和个人不得以任何借口增加支出项目和提高开支标准。
第二十条 基金支出包括：农村合作医疗基金支出、其他支出。
农村合作医疗基金支出是指按规定支付给农村合作医疗对象的门诊、住院、大病补偿等医疗费用支出。
其他支出是指经财政部门核准开支的其他非农村合作医疗待遇性质的支出。包括每年一次对农民常规体检的费用和临时借款支付的利息费用等。
支出户的开设由同级财政和卫生部门在共同认定的具有合法资质、管理规范、信誉良好、服务优良的金融机构设立。
支出户的主要用途是：接收财政社保专户拨入的基金；暂存农村合作医疗支付费用及该账户的利息收入；支付基金支出款项；划拨该账户资金利息收入到财政社保专户。支出户除接收财政社保专户划转基金及该账户的利息收入外，不得发生其他收入业务。
