第二十七条 项目支出预算实行项目库管理，按照项目备选原则编制。主管预算部门组织所属单位编制三至五年中长期发展规划，拟定项目初选方案，进行前期论证和可行性研究，编制项目支出预算建议草案。对于基本建设项目，还要按照有关程序办理立项等审批手续。财政部门委托投资评审机构或组织有关专家，对主管预算部门报送的项目进行论证和评审，形成备选项目库，并按照项目轻重缓急合理排序，实行滚动管理。财政部门根据年度项目安排重点，结合财力状况，编制年度项目支出预算草案。
第二十八条 专项预算管理部门组织有关主管预算部门编报项目初选方案，会同财政部门委托投资评审机构或组织有关专家进行论证评审，编制专项资金预算分配草案，并细化到具体部门和项目，在规定时间内报送财政部门。财政部门审核后汇总编入相关主管预算部门的部门预算草案。专项预算管理部门预留待分配资金不得超出专项资金总额的20％。
第二十九条 主管预算部门、专项预算管理部门和预算单位根据政府采购目录及采购限额标准，将部门预算中应实行政府采购的项目，编制政府采购预算草案。
第三十条 部门预算编制实行“二上二下”的程序。
每年上半年，财政部门要在对上年预算执行情况进行绩效评价的基础上，印发编制下一年度预算的指导性意见。
“一上”阶段(8月底以前)。主管预算部门和专项预算管理部门申报部门预算建议草案和专项资金预算分配草案。财政部门对有关数据进行审核，建立机构、人员、资产等基础信息库和备选项目库。
“一下”阶段(9月初至10月底)。财政部门制定基本支出定额标准，确定项目支出轻重缓急顺序，对部门预算建议草案进行审核汇总和综合平衡，向主管预算部门下达基本支出预算和项目支出预算控制数。
“二上”阶段(11月初至12月中旬)。主管预算部门根据预算控制数，修订部门预算草案，在规定时间内报送财政部门。部门预算草案经财政部门审核汇总后，提交本级政府审定，并报同级人大审议。
“二下”阶段。财政部门在人大批准预算30日内批复部门预算。主管预算部门在财政部门批复预算后15日内，向所属预算单位批复预算。
第四章 部门预算执行
第三十一条 部门预算经批复后，主管预算部门、专项预算管理部门和预算单位要严格按照规定的项目、数额、科目和用途执行。主管预算部门不得擅自截留、滞留、挪用所属预算单位的预算资金。
