以国家投资为主兴建的规模较小的跨村或单村供水工程，形成的资产归受益群众集体所有，可组建用水户协会行使“业主”职能。单村供水工程也可经2/3以上用水户同意由村委会行使“业主”职能。工程的运行维护和经营管理可由用水户协会或村委会直接负责；也可经2/3以上用水户同意，通过公开竞标、竞争性谈判等方式，承包给有资质的专业管理单位或具备相应管理能力、掌握供水技术、讲诚信的个体户经营，并签订合同，明确用水户协会（村委会）和经营者的权责与收益分配等。
　　单户或联户供水工程，国家补助资金所形成的资产归受益农户所有。由县级水行政主管部门统一监制，乡镇人民政府核发产权证，实行自建、自有、自管、自用的管理体制，允许继承和转让。
　　由政府授予特许经营权、以私人投资为主或股份制形式修建的供水工程形成的资产归投资者所有，由业主负责管理。
　　以国家投资为主、引进民营资金为辅兴建的供水工程，国家投资形成的资产归国家、受益农户集体和民营投资者共有，由水行政主管部门和用水户代表作为董事参与供水工程管理。
　　所有农村饮水工程都具有社会公益性质，应接受水行政主管部门的管理，不得改变工程用途。村集体、个体拥有产权的饮水工程，在拍卖、转让时要经过当地水行政主管部门同意。完全由个人投资兴建的水厂，也是国家特许的带有垄断性的经营项目，要通过与政府签订合同明确权利与责任，对社会公益事业承担义务。集中供水工程的管理要积极推行目标责任制，或采取承包、租赁等经营方式。对国家投资或国家参与投资建设的饮水工程，拍卖、转让、租赁或承包必须公开、透明，国家投资部分的收益应专户储存，专项用于农村饮水工程的建设和管理，或补偿供水工程的政策性亏损。实行承包、租赁等方式经营管理的，要规范程序，依法签订合同，并加强对合同执行情况的监督。工程管理委员会、用水合作组织、业主、供水站接受水利、卫生、物价、审计等部门的监督检查，建立定期和不定期报告制度，接受用水户和社会的监督、质询和评议。
　　要逐步建立起政府主导、市场融资、企业经营、依法合理定价、计量收费、群众参与的运营管理机制，充分调动社会各方面参与农村饮水安全工程的积极性，确保工程建得成、管得好、用得起、长受益。对规模较小、不具备自行维修和维护能力的供水工程，可以委托给有资质的工程维修服务公司，逐步实行维修、维护社会化和市场化服务。供水站要建立健全内部管理制度，规范管理行为，确保安全生产和正常供水，不断提高管理水平和服务质量。要按照市场经济规律，采取灵活多样的分配办法，把职工收入与岗位责任和工作绩效紧密联系起来。

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