对定点医疗服务机构一般实行1年一考核，3年再认定制度。通过民主评议、检查评估等多种形式进行考评，对考评不合格的，要通报批评，并责令限期整改；对限期未整改或整改不合格的，一律取消其定点医疗服务机构资格。
建立逐级转诊制度，积极引导参合农民在基层医疗机构就诊。如因病情确需转诊的，应由县（市）、区经办机构出具转诊手续（急诊除外）。要建立合理规范的转诊审核制度，使参合者在各级各类医疗机构合理流动和就诊。
各县（市）、区要以开展新型农村合作医疗工作为契机，切实加强农村卫生服务体系和基础设施建设，完善农村乡镇卫生院医疗卫生服务功能，方便农民群众就地就近就医。2006年年底前，全市要完成农村乡镇卫生院上划到各县（市）、区卫生行政部门管理工作。
六、监督管理
各县（市）、区政府要成立新型农村合作医疗监督委员会（简称监委会），由监察、审计、农业等部门负责同志和参合农民代表共同组成，加强对新型农村合作医疗资金筹集、使用的监督管理。新型农村合作医疗经办机构，要采取张榜公布、走访群众等多种形式，接受有关部门和社会群众监督。
七、医疗救助
各县（市）、区要将新型农村合作医疗制度建设和农村医疗救助制度建设有机结合起来，在推进新型农村合作医疗的同时，加快推进农村医疗救助制度建设，加大政府对医疗救助资金的支持力度，资助符合条件的农村五保户、贫困户家庭成员和其他贫困农民参加当地新型农村合作医疗，享受相应的医药费报销待遇，并对因患大病经合作医疗补助后个人负担医疗费过高，影响家庭基本生活的，再给予适当的医疗救助；要针对农村困难群众家庭收入低、生活困难的实际，在完善新型农村合作医疗工作中，给予农村医疗救助对象更多的政策优惠，使全市贫困人口参合率达到90％以上。同时，要充分发挥红十字会、基金会、慈善机构等社会力量的作用，多渠道筹集救助资金，广泛开展医疗救助工作。
八、信息化和网络化建设
建立全市新型农村合作医疗计算机管理信息中心和统一的新型农村合作医疗管理数据库，各县（市）、区不另建立计算机管理信息中心。全市新型农村合作医疗统一实行计算机网络化管理，新型农村合作医疗资金实行网上审核报销与管理。各县（市）、区要加强新型农村合作医疗的信息化和网络化建设，并提供必备的条件。要加强新型农村合作医疗信息资源管理，不断完善各项管理制度。
