一、指导思想和原则
（一）指导思想
认真贯彻党的十六大精神，确立劳动、资本、技术和管理等生产要素按贡献参与分配的指导原则，完善按劳分配为主体，多种分配方式并存的分配制度。建立形式多样、自主灵活，符合各类事业单位特点的分配激励机制，进一步扩大事业单位内部分配自主权，向优秀人才和关键岗位倾斜，充分调动各类人员的积极性和创造性，增强事业单位参与市场竞争意识和自我发展能力。
（二）遵循的原则
1、坚持按劳分配与按生产要素分配相结合的原则，同时兼顾国家、集体、个人之间的利益。总体上实行以按劳分配为主体，多种分配方式并存的分配制度，结合不同事业单位的特点，在不同分配层次上，按劳分配与按生产要素分配各有侧重。建立形式多样，自主灵活的分配激励机制。
2、坚持效率优先，兼顾公平的原则。把分配与工作人员的工作数量、质量、效率和效益紧密联系起来，打破平均主义，在合理拉开各类人员收入差距的同时，兼顾公平。逐步建立重实绩重贡献的分配机制。
3、坚持区别对待，分类指导的原则。允许事业单位根据各自的性质、任务、特点、经费来源等实际情况，在国家工资政策指导下，选择不同的内部分配方式。坚持政府宏观调控，单位自主分配，个人按岗取酬的原则。
4、坚持改革搞活的原则。在逐步增加财政收入，减少财政支出的前提下，凡有利于增强事业单位活力，促进事业单位发展的分配办法都可以采纳和使用。坚持工资总额增长低于经济效益增长，职工平均工资增长低于单位人均效益增长的原则。
5、坚持维护职工合法权益的原则。
二、改革的基本内容
（一）为增强事业单位内在活力，强化工资在事业发展过程中的激励作用，根据事业单位的性质、特点和经费来源的不同，进行分类管理，实行不同的分配办法，结合单位的不同特点，进一步扩大事业单位的自主分配权，推行以岗位工资为主体的多种分配方式。
1、扩大事业单位的自主分配权。
财政保证经费的公益性事业单位进一步搞活津贴分配，将比例津贴及单位收入中经人事、财政部门批准的可用于个人分配部分，列入单位工资总额，由单位按岗位、任务和业绩自主分配。财政补助的公益性事业单位，在不增加财政支出和不减少国家财政收入的前提下，实行与经济效益挂钩办法，由同级人事、财政部门根据事业单位的基本情况核定工资与效益的挂钩比例，依据单位经济效益及其增长情况，确定工资总额及其增长比例，事业单位工资总额随效益的增长而递增，增加的工资总额，可纳入单位年度分配计划，结余可跨年度使用。经费自理的公益性事业单位和从事生产经营活动的事业单位，在保证国有资产保值、增值的前提下，依据财务、工资等政策规定，由政府人事部门核定工资总额。在收入中留足事业单位发展基金后，可实行年薪制、承包工资制，劳动量便于量化的可实行计时工资制、计件工资制、项目工资制和多级核算工资制。随着效益的增长，调整工资总额，但工资总额的增长须按照低于本单位经济效益的增长，职工平均工资增长低于本单位人均效益增长的原则确定。
2、实行以岗位工资为主体的多种分配方式。事业单位推行按工作岗位计发报酬的岗位工资制，可选择结构工资、绩效工资、计件工资、课时（题）工资、项目工资、目标责任制工资、多级核算工资、年薪等多种工资分配方式。实行岗位工资制，要以岗位聘用为前提，工作人员聘在什么岗位享受什么待遇。岗位工资标准的确定，应按岗位责任的大小、任务的轻重、技术复杂程度等因素综合考虑，具体办法按人事部《关于事业单位试行人员聘用制度有关工资待遇问题的处理意见（试行）》（国人部发〔2004〕63号）执行。
3、有条件的事业单位根据事业发展需要可高薪聘用高层次的急需优秀人才。对部分急需的国内外、省内管理人才、高层次学术技术带头人才，可依据责任轻重、风险大小和工作业绩的优劣，确定优惠的工资待遇，实行一流人才，一流业绩，一流报酬，其工资一般可按本单位职工平均工资的2-6倍确定。
4、有条件的财政补助的公益性事业单位和经费自理的公益性事业单位、从事生产经营活动的事业单位法人代表或主要管理人员、首席专家、学术带头人可试行年薪制。年薪一般控制在本单位职工平均工资的3-6倍，具体方案由单位提出，经主管部门核准报政府人事、财政部门同意后执行。年薪工资分为基本年薪和效益年薪，基本年薪占1／3左右，按月发放，效益年薪占2／3左右。在年底对年度目标责任考核（包括单位经济效益和社会效益指标），根据考核结果可全部兑现、部分兑现或不兑现效益年薪，还可根据协议扣减基本年薪。年薪不占单位工资总额指标，基本年薪直接进入单位成本，效益年薪从单位效益中列支。实行年薪制的人员，其年薪是全年的实际总收入，包括工资、各种津贴和各类福利，除年薪外不得在本单位获取任何其它形式的工资、津贴和福利性收入。违者从年薪中加倍扣罚。年薪制实行和管理的具体办法另行规定。
（二）鼓励事业单位探索按技术、管理等生产要素参与分配的方法和途径。事业单位可根据本单位的特点和条件，采取多种形式实行按技术、管理等生产要素分配。按生产要素和所实现的效益进行分配，不受单位工资总额限制。事业单位按生产要素分配一般可采取以下形式：
1、事业单位安排科技人员深入生产第一线提供有偿科技服务、科技开发、科技咨询、科技承包等活动，单位可从所创效益中提取净收入的35%-50%一次性分配给有贡献的科技人员。
2、事业单位自主研发的科研成果将其有偿转让他人使用，可从科技成果转让后所取得的净收益中提取25%-35%的比例，一次性奖励该科研成果的完成者和成果转化的主要实施者。
3、持有科技成果的事业单位，应加快科技成果转化过程，若成果在一年内未实施转化的，科技成果完成人和参加人在不变更职务科技成果权属的前提下，可以根据与本单位的协议，推进该项科技成果的转化，并按协议分配获得的收益。
