深化公立医疗机构改革。启动长宁、松江两区卫生服务综合改革试点，探索二、三级医院综合改革试点，转变公立医疗机构的运行机制，促进基本医疗服务重心下移。探索推进公立医疗机构委托管理或联合共建。继续实施公立医疗机构医药费用总量控制政策。进一步推动药品集中招标采购，“十五”期间累计招标金额332.17亿元，药价平均降幅为10.94％。
制定和实施《关于本市促进社会办医发展民办医疗机构的若干意见（试行）》，促进了社会多元办医。至2005年底，全市已有民办医院124家、民办门诊部339家、个体诊所737家，中外合资合作医疗机构18家。
（五）中医药事业取得新的进步
中医医疗服务体系进一步健全。全市基本达到各区县有一所政府举办的中医医疗机构，90％以上的综合性医院、社区卫生服务中心和乡镇卫生院设立了中医科或中西医结合科，形成了覆盖全市的中医药服务网络。
中医内涵建设进一步加强。修订实施《上海市中医病症诊疗常规》、《上海市中医病症护理常规》；成立上海市中医医疗质量控制中心，加强中医质量管理，提高中医医疗机构的中医药治疗率。大力开展中医师承教育，培养了一批高层次的中医临床、科研人才。授予20名中医专家“上海市名中医”荣誉称号，建成23个名老中医学术经验研究工作室。
中医药在重大疾病防治和社区卫生、郊区卫生服务中发挥了重要作用。中医药积极参与防控非典、人感染高致病性禽流感和应对突发公共卫生事件，并显示了独特的优势。建设1个全国中医药社区卫生服务示范区，完成3个全国农村中医工作先进区县二期建设。启动33个上海市中医药服务社区示范点建设，不断拓展简、便、验、廉的中医药服务和中医适宜技术在社区卫生服务中的推广应用。
（六）卫生监督体系建设不断加强
进一步理顺卫生监督体制，市、区县两级卫生监督机构基本实现卫生综合执法。加强卫生监督制度建设和人员规范化培训，执法水平和能力进一步提高。2004年－2005年，平稳有序地完成了食品卫生安全监管、急性职业病危害事故处置等职能的移交工作。
加大卫生监督执法力度。加强传染病防治、公共场所卫生、职业病防治、学校卫生、饮水卫生和食品卫生等公共卫生执法。加强医疗服务执业要素准入和监管，强化医政执法。严厉打击非法行医、非法采供血、“医托”、非法医疗广告等行为，整顿医疗服务市场。
加强医疗质量管理，完善医疗质量控制体系，组建了30个市级医疗质量控制中心，各区县建立了临床专业质控组。建立医疗服务信息公示制度，将全市医疗机构业务工作量、均次费用、质量督查结果等信息定期向社会公示。深入开展“医院管理年”活动，加强对各级医疗机构的检查和督导。
（七）学科人才队伍建设和医学科研成效明显
加强临床医学中心和重点学科建设。“十五”期间，通过多元筹资，共投入资金6.6亿元，建设了33个临床医学中心。启动了新一轮“医学重点学科建设计划”，建设30个重点学科，30个重点专科和40个社区卫生服务重点项目。
实施了“百、千、万”人才培养工程、“医苑新星”培养计划和全科医师培养三年行动计划。启动了“上海市医学领军人才培养计划”和“上海市优秀青年医学人才培养计划”。完善住院医师规范化培训，探索人事代理制度。积极发展成人学历教育，提升卫生专业技术人员总体水平。
医学科研成果显著。“十五”期间，上海卫生系统获得省部级以上科技奖407项，其中，国家科技进步奖29项，国家自然科学奖5项，中华医学科技进步奖64项，上海市科技进步奖309项，位居全国卫生系统和全市各行业前列。
（八）政府职能转变稳步推进
推进卫生依法行政。贯彻实施《
行政许可法》，开展行政许可项目和规范性文件清理，进一步完善卫生行政许可程序，规范卫生行政许可行为。认真做好《
传染病防治法》、《
职业病防治法》、《
医疗事故处理条例》等“十五”期间新颁布施行的9部法律法规、34部部门规章和2部地方性法规和政府规章的宣传、培训和实施工作。推进政府信息公开，向社会公开信息864条，提高卫生行政管理工作的透明度。
