在实际工作中应把握好以下几项原则：
--坚持环境优先。自觉遵循自然规律和经济规律，把环境优先的理念体现在经济工作的指导思想和宏观决策上，落实到具体工作中，在经济发展的同时自觉服从环保要求，不以牺牲环境为代价换取经济社会发展。
--坚持以人为本。把满足市民日益提高的环境质量需求作为环保工作的出发点，保障和鼓励全社会参与环境保护，坚决维护群众环境权益，切实解决市民关注的影响群众健康的环境问题。
--坚持重点突破。重点从源头上防治污染和保护生态环境，加大对环境污染和生态破坏的综合整治力度，有计划、有层次地推进生态市建设。着力推进特区外环境保护，实现特区内外生态建设均衡协调发展。
--坚持机制创新。突出加强管理体制创新，建立和完善环境保护长效机制。严格环境保护绩效考核，增强环境监管的协调性、整体性。大力推进区域、部门和社会等多种资源的优化配置，建立统一、协调、高效的环境监管体系。
（三）建设生态市的工作目标。
到2010年，全市生态环境质量得到明显改善，资源利用效率显著提高，生态环境恶化的趋势得到根本遏制，城区内重点河流消除劣Ⅴ类水体，主要污染物排放总量得到有效控制，城市的生态格局不断完善，生态系统功能不断增强，公众生态意识普遍提高。环保投资占GDP比重达到3%以上；单位GDP能耗控制在0.531吨标煤/万元以下，单位GDP水耗控制在27m3/万元以下；环境保护基础设施配套完善，城市污水集中处理率达到80%以上，污水回用率达到20%以上；生活垃圾无害化处理率达到95%以上，危险废物处理处置率达到100%；二氧化硫和化学需氧量排放总量在2005年基础上削减20%。
到2020年，环境保护和经济社会发展实现良性循环，生态环境质量明显改善，全面建成生态市。
二、以环境保护优化经济增长，建立协调发展的生态经济体系
（四）按环境容量优化区域布局。
实施《深圳生态市建设规划》，将全市划分为重点保护区、控制开发区和优化开发区。逐步提高重点保护区和控制开发区的环境准入和排放标准。除法律、法规另有规定外，在重点保护区内，禁止开发建设除道路交通设施、市政公用设施、旅游设施、公园四类项目以外的项目，逐步恢复和提升生态功能；在控制开发区内，严格控制土地开发规模和开发强度，限制不符合生态功能定位的产业发展；在优化开发区内，加快调整产业布局，实行集约开发，提升生态效益和经济效益。落实总量控制制度，把主要污染物排放总量控制指标逐级分解到各区、各街道，分配到排污单位。
（五）以发展循环经济促进经济增长方式转变。
