1、随着体制改革的进展和乡级财政的建立，乡(中心)卫生院的行政管理应逐步划归乡政府领导，业务上受区(县)卫生局指导，所有制性质不变。卫生院划归乡政府领导后，乡党委和乡政府要有领导分管卫生行政工作，负责本乡卫生人员的思想政治工作和医德教育，监督乡卫生院管好用好人、财、物。
2、乡卫生院在人事、财务和经营管理方面有充分的自主权，实行独立核算、自负盈亏、按劳分配、民主管理的制度。乡卫生院的党政正职，应按干部“四化”要求配备，在征求区(县)卫生局的意见后，由乡党委、乡政府任命，副院长由院长提名，报乡批准。乡卫生院正、副院长增多实行任期制，每届任期三年，可连选连任。属全民所有制的乡中心卫生院可参照集体所有制卫生院的办法进行管理。
3、卫生院的工作人员可以实行招聘制、合同制。其工资、奖金及岗位津贴，在国家政策规定的范围内，根据考勤、考绩、考德的实际情况计发，以体现奖勤罚懒，奖优罚劣。
三、机构设置和人员配备：
1、卫生院的人员一般可按全乡人口千分之一点五至二的比例配备(中心卫生院适当放宽)，其中医技人员应占80%以上，工勤行政人员应占20%以下。有条件的卫生院(含中心卫生院)可设病床10～50张；条件不具备的或离县城较近的，可设观察床。
2、卫生院的分科不应过细，一般设预防保健科(卫生防疫、妇幼保健)、门诊部(内、外、妇、儿、药剂、检验)、住院部(包括简易手术室)和行政科室。提倡卫技人员一专多能。
3、预防保健科负责人必须由院长或副院长兼任。防保人员按全乡人口万分之二至二点五的比例配备。防保人员不足的乡可从有合格证的乡村保健医生中招聘。
4、未经专业训练的非卫技人员不得从事卫技工作。
四、卫生经费管理：
1、改革经费补助办法。国家给乡卫生院的补助经费应按完成预防、保健、医疗任务的情况，由区(县)卫生局浮动补给。补助的经费主要用于防保人员的工资和培训，以及防保工作的业务开支。
2、卫生院应根据地理位置、群众需要和自己的专长，办出特色。在扩大业务、多为群众服务的前提下，积极组织合理收入。作为集体卫生事业经费和职工工资、福利的主要来源。
3、卫生院的建设，主要依靠地方投资。乡政府每年从地方财政收入中按一定比例提取经费用于卫生事业，逐步改善乡卫生机构的医疗用房、食品设备和职工住房等条件。
