(三)按“暂行办法”第二十六条和二十七条的规定，各级收取(含本级征收和地县按规定比例上交部分)的水资源费总额的90％应交同级财政管理。各级应交财政的部分分别由各级水行政主管部门统一交入同级财政金库。列“专项收入类”中“216款征收城市水资源费收入”具体缴库时间和办法规定为：县(市、区)水行政主管部门在每一季度终了后的20日之内交入县(市、区)财政金库；市(地、州)水行政主管部门在每年的一月二十日和七月三十日之前交入市(地、州)财政金库；省水行政主管部门在每年的一月三十日和七月三十日之前交省财政金库。
(四)水行政主管部门委托代收的，代收单位在留用征收总额3％的手续费后，在每季终了的二十日内将代征的水资源费交同级水行政主管部门。
四、水资源费的使用范围和管理原则
按
《暂行办法》第
二十七条和二十八条规定：
(一)各级水行政主管部门自留征收总额(含本级征收和地县按规定比例上交部分)的10％，专门用于水资源的保护与开发的水政监察工作，这部分资金按预算外资金管理，纳入同级财政专户储存。
(二)各级水资源费的90％交同级财政部门管理，作为水资源开发利用，涵养保护和规划管理的专项资金，专款专用、不得挪用，当年结余可结转下年使用。其使用范围如下：
1．主要用于现有水利工程的配套；
2．水资源开发利用的科研、考察、规划、监测等前期工作；
3．水资源涵养，包括水土保护林、水源涵养林建设等生物措施和工程措施；
4．水资源管理基础设施、设备和水法规宣传、培训等业务经费在自留10％部分内开支不足确有困难的，也可适当列支部分； 5．奖励水资源保护管理、计划用水、节约用水的先进单位和个人(具体奖励办法由省水电厅商省财政厅另定)。
(三)水资源费上交同级财政作为专项资金的使用，按
《暂行办法》第
二十九条的规定执行。实行项目管理。
五、水资源费的列支
企业、国家机关、事业单位、人民团体、驻军单位等缴纳的水资源费、其列支按
《暂行办法》第
二十四条的规定执行。其中水利工程单位应缴纳的水资源费由在水利工程内取水又属交纳水资源费的单位除按规定交纳“水利工程水费”外，一并缴纳。
