1、采用收入比例抵扣法。在保证完成国家下达的两税(增值税、消费税)税收收入任务的前提下，根据本地区的财政承受能力，分年限(3-5年)按比例处理增值税一般纳税人的期初存货已征税款。
2、采用增值税收入增长抵扣法。纳税人在依法完成上年实际入库增值税税金的前提下，大于本地区本年度增值税收入增长幅度或税务机关核定的增长幅度的部分，酌情给予全部或部分抵扣，实行多超收、多抵扣，不超收、不抵扣的原则。
增值税一般纳税人具体适用哪一种抵扣方法，由该主管税务机关确定。抵扣方法一经确定，不得再改变。
凡完不成省下达的两税(增值税、消费税)任务的市、县，各级税务机关均不得审批抵扣。
三、关于对期初存货已征税款的处理审批权限问题
1、对在1994年8月31日前已按国家税务总局国税明电(1993)72号《关于
商业企业明年期初存货已征税款处理问题的通知》和财政部、国家税务总局(94)财税字第019号《关于增值税一般纳税人1994年期初存货已征税款计算和处理问题的补充通知》规定，经税务机关批准处理动用期初存货已征税款的处理，应按本通知要求重新进行审批，审批权限暂明确如下：
(1)处理已征税款在50(含)万元以下的由县级税务机关审批；
(2)处理已征税款在50万元至200(含)万元的，由省辖市税务机关审批。
(3)处理已征税款超过200万元的，报省国家税务局审批。
2、对在1994年8月31日前，尚未处理过期初存货已征税款的增值税一般纳税人，对其期初存货已征税款的处理，暂按以下权限审批：
(1)对年抵扣已征税款在20(含)万元以下的，由县国家税务局审批；
(2)对年抵扣已征税款在20万元至50(含)万元的，由省辖市国家税务局审批；
(3)年抵扣已征税款超过50万元的，报省国家税务局审批。
以后增值税一般纳税人期初存货的处理，均按此权限审核批准。
3、增值税一般纳税人如因破产、解散、停业等原因不再购进货物，而只销售存货，或者为了维持销售存货的业务而只购进水、电的，其期初存货已征税款的处理，由省辖市国家税务局确定。
四、关于对期初存货已征税款处理的申请上报材料及时间要求问题。
(一)上报材料要求
1、增值税一般纳税人期初存货已征税款抵扣申请表(表式附后)；
