(五)科研单位主办的公司、工厂等企业，在进行投资收益分配时，应严格划清国有资产(含资金、房屋、仪器设备、技术与成果等)与其它资产所占份额的比例、明确产权关系。科研单位应按比例取得一定的收入，以保证国有资产的保值和增值。
五、科研单位收益的计算和“两金”的缴纳和减免
(一)科研单位取得的收入，减去成本(费用)和应交税金为收益，科研单位投资取得的效益，如：联营投资收益，长、短期投资的收益等，也应纳入单位收益总额，其收益按有关规定进行分配和使用。
(二)科研单位“两金”的缴纳和减免科研单位“两金”的缴纳按照京财综(1994)1315号转发财政部(94)财综字第64号文件中第三项计征办法的有关规定执行；
1.全额预算管理的事业单位取得的事业收入，按扣除经财政部门核定纳入单位预算管理，用于抵补事业支出的收入后的余额计征。全额预算管理的事业单位的年终预算包干结余免征“两金”。
2.差额预算管理和自收自支管理的事业单位取得的事业收入，按收支结余所提取的职工奖励基金和职工福利基金计征。
3.对依法缴纳企业所得税实行企业化管理的事业单位(包括社会团体)免征“两金”。
六、科研单位专用基金(资金)的建立
(一)科研单位的科技发展基金、职工福利基金、职工奖励基金仍按《关于科研单位试行科技承包经营责任制的暂行办法》(87京科管字第97号)、《关于北京市属科研院所第二期三保一挂科技承包经营责任制实施细则》(90京科管字第372号)、《关于调整“三保一挂”科技承包经营责任制指标结构和挂钩办法的通知》(93京科管字第322号)的规定提取和使用。
(二)科研单位提取的科技发展基金中，可以设立以下两项基金：
1.固定资产修购(折旧)基金。主要用于固定资产的修理和更新，具体提取方法和比例由科研院所参照本行业的有关规定经主管局批准并报市科委备案。
2.周转(流动)资金。可根据科技生产经营服务活动的需要，从财务收支结余及科技发展基金中逐步建立周转(流动)资金，具体比例由科技院所确定并报市科委批准。
(三)差额预算管理和自收自支管理的科研单位，凡未纳入国家公费医疗经费开支范围的单位，应按当地财政部门规定的公费医疗经费开支标准，从成本中提取医疗基金转入职工福利基金，参照公费医疗制度有关规定，用于职工公费医疗开支，不足部分可由收益分配中提取的职工福利基金中开支。
