(三)大检查查出各类违反财经法纪问题，应按照现行财务会计法规进行帐务调整。被查单位缴纳的罚款、滞纳金等，一律不得抵减应纳所得额。对应由违纪责任人交付的罚款，一律由受罚人支付。
　　(四)市、区、县大检查办公室对大检查中重点检查查出的各类违反财经法纪问题，要向被查单位下发《重点检查违纪问题核定通知书》或《处理决定通知书》。被查单位必须遵照执行，如有异议，应在接到通知书15日之内，报告发出通知书的大检查办公室重新研究处理，也可按财政部门的复议程序申请行政复议。在重新研究或办理行政复议期间，原通知书的检查结论和处理决定应予执行。
　　(五)违纪入库和分成事项。
　　查出委托检查的中央在京企事业单位的各项违法违纪款项，其中：增值税、城建税、教育费附加和地方各税，按现行入库渠道缴库；应予分成的违法违纪款项及查出各级企业应缴中央财政的消费税违法违纪款项，无论是集中缴库单位，还是就地缴库单位，一律由被查单位经其开户银行汇缴财政部大检查办公室在中国工商银行总行营业部开设的“过渡存款户”(帐号：278-1856，行号：20059)，用《信汇委托书》或《银行进帐单》办理入库。
　　查出市、区、县单位的各项违法违纪款项，按现行入库渠道缴库。
　　查出委托检查的中央和市属单位的各项违法违纪款项及各级企业的消费税违法违纪款项，接实际缴入中央财政和市级财政应予分成的违法违纪金额，继续给予各区、县地方财政分成。有关事项另发通知。
　　查出各项违反国家价格法律、法规的非法收入及撮以罚款，一律由物价检查部门收缴。
　　被查单位的各种应交违法违纪款项，在接到《重点检查违纪问题核定通知书》后15日内，必须全额缴入国库，不得以任何借口少缴或不缴；个别单位资金确有困难，一时难以缴清的，必须订出缴款计划，在报经发出通知书的大检查办公室核实批准后，分期分批交清，不得少缴或不缴。如有拒不缴库的，应按有关法律法规从严处理，并通知银行依法划拨扣缴。
　　(六)各级业务主管部门大检查办公室在重点检查组进点之前，要积极组织力量对所属单位进行重点抽查，以推动其自查、自纠。
　　(七)对大检查中清理补缴的欠税问题，一般不作违纪处理。但对未经批准或超过批准期仍拖欠国家税款的，除将其欠缴税款如数追缴外，还要从滞纳之内起按日加收2‰的滞纳金。
　　(八)在大检查查出的违反财经法纪问题中，凡需追究当事人责任的，除按规定对当事人进行经济处罚外，还要按照干部管理权限，建议有关部门给予党纪、政纪处分；凡属会计人员对违法违纪活动知情不举或者通同作弊的，应撤销其会计人员的专业技术资格。对触犯刑律的，要及时移交司法机关立案查处。

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