3、查出不属于偷税行为的违纪问题应按国家有关税收政策规定补交各项税款，依《
中华人民共和国税收征收管理法》进行处理。并依《
国务院关于违反财政法规处罚的暂行规定》对违纪款给予处罚；对调增利润后仍亏损的企业和单位还要按照《
国务院关于违反财政法规处罚的暂行规定》对违纪款给予处罚。
4、查出隐瞒、截留、侵占应上缴财政的非税收性收入问题，按照《
国务院关于违反财政法规处罚的暂行规定》，除追缴全部收入外，还要给予处罚。
5、查出违反财政法规，隐瞒、转移、减少国家资本金等问题，除按规定调整帐务外，还要撮以相当于违纪款20％以下的罚款。
6、查出私设“小金库”问题，按照1995年清查“小金库”的有关政策进行处理。
7、查出企业骗取财政补贴、虚报亏损等问题，除按规定调整帐务和如数扣减其财政补贴外，还必须按照《
国务院关于违反财政法规处罚的暂行规定》给予处罚。
8、查出全额或差额预算管理行政事业单位违反财经法纪问题，应收缴其全部违纪金额，由单位用经费包干结余或自有资金上缴财政。
9、查出违反预算外资金管理规定的问题，按照财政部、国家计委、审计署、中国人民银行、监察部发布的《关于清理检查预算外资金的实施办法》等有关规定予以处理。
10、查出违反控制社会集团购买力管理规定的问题，按财政部、国家计委等七个部委发布的《关于违反控制社会集团购买力规定的处理暂行规定》处理。
11、查出价格违法违纪问题，由各级价格监督检查机构按有关法律法规这行处理。
12、查出隐瞒、虚报国有资产和国有资产流失的问题，交由国有资产管理部门或清产核资部门接有关法律、法规进行处理，并将处理结果报送市大检查办公室备案。
市、区、县大检查办公室依照上述规定处理各种违反财经法纪问题时，可视其初犯或重犯、有意或无意以及违纪情节轻重和违纪金额大小等不同情况，在国家现行法律法规规定的罚款幅度内，酌情从轻或从重处罚；对查出按税法规定应由企业在年终进行纳税调整而在1996年年内多列支的业务招待费、计税工资、利息支出、捐赠、管理费等问题，一般可不作违纪罚款处理。
