第六十五条 主管国税机关接到企业报送的年度所得税申报表、会计决算报表和注册会计师查帐报告后，应对有关资料进行逻辑审核。对审核中发现的问题，应及时通知企业进行调整或补充申报，也可作为国税机关汇缴检查的重点，在汇缴检查中审查落实。
第六十六条 主管国税机关对企业报送的年度所得税申报表等资料进行逻辑审核后，应立即安排专人深入企业进行汇缴检查，也可采用调帐方式进行调查。主管国税机关到企业或调帐汇缴检查之前，应按照《涉外税收稽查规程》的要求，书面通知纳税人做好准备；来不及书面通知的，可先电话通知，后补送书面通知，纳税人应在书面通知上签字，以示送达。
第六十七条 主管国税机关在对企业所得税进行汇缴检查中，应将企业当年度的全部会计凭证、报表等资料进行全面审核。审核结束后，填写《外商投资企业和外国企业所得税汇算清缴检查调整项目明细表》(简称“明细表”，附件11)，将明细表上调增和调减的项目全额与企业办税人员一一核对，听取企业意见后由企业负责人签字认可。根据企业签字认可的《明细表》，主管国税机关下达《外商投资企业和外国企业汇缴检查定案通知书》及《外商投资企业和外国企业所得税汇算清缴定案表》(附件12)，通知企业限期补缴或退回税款，并进行相应的帐务处理。
第六十八条 所得税汇算清缴工作结束后，主管国税机关应填报《外商投资企业和外国企业所得税汇算清缴情况汇总表》，按规定时间报上级国税机关。
第六十九条 凡由社会中介机构代理纳税人办理纳税事项的，主管国税机关在汇缴检查中发现的问题，应照章补税和罚款。
第十章 税收优惠的管理
第七十条 纳税人享受企业所得税的减免优惠，必须本着一年一报的原则，报经主管国税机关批准。
第七十一条 纳税人申请享受企业所得税减免优惠，应在年度终了后四个月内报送年度所得税申报表的同时，向主管国税机关写出书面申请，同时附报《外商投资企业和外国企业所得税减免申请审批表》(附件13)。主管国税机关应在接到企业减免税申请后15日内审批或转报审批。
第七十二条 主管国税机关应严格按照审批权限审批减免企业所得税。
对外商投资企业分阶段建设分阶段经营、申请分别享受生产性企业减免税优惠的和从事港口、码头建设的中外合资经营企业申请享受“免五减十”所得税优惠的，应层报省国税局批准。对外商投资企业分阶段建设分阶段经营、申请分别享受生产性企业减免税优惠的和从事港口、码头建设的中外合资经营企业申请享受“免五减十”所得税优惠的，应层报省国税局批准。对在沿海经济开放区和沿海经济技术开发区所在城市老市区设立的从事技术密集、知识密集型项目和外商投资在3000万美元以上、回收投资时间长的项目及能源、交通、港口建设项目的外商投资企业，申请减按15％税率征税以及从事农业、林业、牧业的外商投资企业和设在经济不发达的边远地区的外商投资企业，在法定减免税期满后，在以后的十年内继续按应纳税额减征15％— —30％的企业所得税的，均应层报国家税务总局批准。其他方面的企业所得税的减免由当地国税机关审批。预提所得税减免的审批程序，仍然按照有关规定执行。
