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（三）有无从小规模纳税人直接取得增值税专用发票或从生产免税产品的纳税人取得增值税专用发票作进项税额抵扣问题；
（四）有无用虚开的增值税专用发票作进项税额抵扣问题；
（五）有无以普通发票，不合规定的农产品、废旧物资收购凭证、运输单据抵扣进项税额问题；
（六）将购进货物或应税劳务移做固定资产、在建工程、职工福利、个人消费、其他非应税项目是否做进项税额转出；
（七）发生非正常损失是否将耗用原材料已抵扣的进项税额作进项税额转出。
二、进项税额有关账户的检查
（一）购进货物或应税劳务的检查
检查“材料采购”“商品采购”“应交增值税-进项税额”账户，按照购进货物发生的时间及记账凭证册号，调阅原始凭证，用专用发票上记载的采购成本及进项税额，分别与“材料采购”或“商品采购”“应交增值税-进项税额”账户的借方发生额相对照，看有无少记采购成本，多记进项税额；购入的免税农产品，不按购进时的买价和规定的扣除率计算进项税额，将购入货物或接受应税劳务取得的不符合规定的普通发票视同专用发票计算进项税额。
（二）企业接受投资转入货物的检查
检查专用发票填开的原材料价款和注明的进项税额，分别与“原材料”“应交增值税-进项税额”账户的借方发生额对照，核对转入的货物有无多计算进项税额，少记原材料成本的问题。
（三）购入固定资产的检查
对纳税人购入超过税法规定的固定资产标准的物品，应依据企业固定资产目录，确定是否属于固定资产，无固定资产目录的，参照同行业标准确定是否应做固定资产管理。凡在固定资产购进后，“银行存款”账户贷方发生额与“应交增值税-进项税额”账户借方发生额出现对应关系的，证明纳税人已将购进固定资产在销项税额中作了抵扣。
（四）对购入货物用于非应税项目的检查
检查时应将企业购入货物的专用发票上注明的货款金额及支付的增值税额合计与原材料成本或者免税项目的基本生产成本-原材料成本金额对照，看免税项目应负担的增值税金是否计入该项目成本。
（五）企业存货发生非正常损失的检查
检查时应将“待处理财产损益”账户的借方发生额与“原材料”“产成品”，“在产品”等账户的贷方发生额相核对，如发现有直接对应关系，可能将存货发生的非正常损失部分的增值税，未从进项税额中转出，多抵扣了进项税额。
（六）购入货物及接受应税劳务用于集体福利和个人消费的检查
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