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(五)关于生产企业间接出口的税务处理问题
本文规定范围的清算企业的间接出口业务，一律视同内销处理。包括1994年1月1日前批准设立的外商投资企业，将产品销售给1994年1月1日起设立的外商投资企业或内资生产企业的。
(六)关于生产企业增值税专用发票(抵扣联)的管理问题
生产企业在办理出口退税时，除需要提供出口货物外销发票、报关单(出口退税专用联)、收汇核销单(出口退税专用联)等凭证外，还应将购入原辅材料的增值税专用发票(抵扣联)进行分类整理，以备查核。
(七)关于对远期结汇出口货物的出口退税问题
根据国税发[1994]31号文第十四条第(四)点规定，经市外经贸主管部门批准远期收汇(180天以上)而未逾期的出口货物，在清算时，生产企业须附送市外经贸主管部门出具的远期结汇证明，办理出口退税；对到期未收汇的应扣回已退税款。
(八)关于对生产企业出口货物发生溢、缺和索赔等业务如何调整出口销售收入的问题
生产企业出口货物时因受舱位等限制发生短装或多装情况；货物出口后由于质量等原因出现索赔等情况。对此类业务问题，生产企业必须出具调整后的海关报关单(出口退税专用联)或由外汇管理部门签发的调整后的出口收汇核销单(出口退税专用联)，准予调整出口销售收入。
(九)关于对区外生产企业报关出运销往外高桥保税区内企业的出口货物的销售凭证问题
根据沪国税退[1996]55号文第七条规定，区内企业收购区外准予办理出口退税的货物，区外企业必须开具增值税专用发票和出具增值税专用缴款书，作为区内企业出口退税的凭证。
(十)关于“来料加工”贸易方式下，生产企业购入国内垫付料，发生进项税额的税务处理问题
根据国税发[1994]31号文规定，生产企业“来料加工”贸易进口的原材料、零部件及其加工或委托加工的工缴费是免税的，对因采购部分国内垫付料而发生的进项税额，不得在内销产品销项税额中抵扣，应转入“来料加工”产品的成本。如生产企业对原辅材料在购入时分不清其用途，则按销售额比例划分相应的进项税额转入成本。
(十一)关于生产企业申报“出口销售额”以何种外币计价的问题
为了统计口径的一致性，生产企业在申报“出口销售额”时，一律以“美元”计价。
(十二)关于生产企业在展销会上出售样展品情况的税务处理问题
生产企业在国内开办展销会，在展销会期间发生外商用外币购买样展品并自带出境，生产企业无法提供全套退税单证的，在年终清算时应视同内销处理。
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