第九条 申报稽核分为两种形式：综合申报稽核和分税种申报稽核。综合申报稽核是指主管税务机关定期对纳税人、扣缴义务人和代征人申报缴纳地方各税的情况结合税务管理信息系统提供的资料和税务档案进行全面、系统的审核、分析和评估的行政管理活动。分税种申报稽核是指主管税务机关定期对纳税人、扣缴义务人和代征人申报某一税种的情况结合税务管理信息系统提供的资料和税务档案进行系统分析和评估的行政管理活动。
第十条 主管税务机关实施综合申报稽核，应根据税源状况，每年或者每半年对纳税人、扣缴义务人和代征人申报缴纳地方各税的情况进行系统的审核、分析和评估 ，由稽核人员在《纳税状况评估意见书》(见附件二)中填写评估情况。凡通过系统分析，发现纳税异常或有疑点的，分类提出问题，报税务所所长批准，作为日常检查的案源，由检查人员实施检查。
第十一条 纳税人、扣缴义务人依法在规定的期限内向税务机关报送某一税种的纳税申报表后，主管税务机关应序时登记、核对和销号或者录入税务管理信息系统。对经登记或者录入后的纳税申报表，根据不同情况，按下列标准进行分类：
(一)纳税申报表数字逻辑关系正确的申报；
(二)零申报；
(三)特殊税种的申报；
(四)代扣代缴义务人报送的代扣代缴税款报告表；
(五)代征人代征税款情况报告表。
第十二条 主管税务机关对不同类型的纳税申报表按下列原则和程序进行处理：
(一)纳税人按照规定的方式向税务机关报送某一税种的纳税申报表后，经过计算机录入数字逻辑关系正确的，主管税务机关稽核人员应结合综合申报稽核定期对纳税人申报的情况进行审查、核对、评估。凡通过审核未发现问题的，填写《纳税状况评估意见书》，说明审核情况，报税务所所长审批后，存档备查；通过审核发现纳税人各期申报税种的计税依据、应纳税额变动幅度较大或者纳税人生产经营的规模不断扩大、固定资产增加但申报应纳税额变动不大或者减少的，稽核人员应根据所发现的异常情况或者疑点，填写《纳税状况评估意见书》，提出评估意见，报税务所所长批准后，作为日常检查的案源，由检查人员实施检查。
(二)对零申报的纳税申报表，凡同一税种连续三次为零申报的，主管税务机关稽核人员应根据税务管理计算机系统提供的基本数据和税务档案，结合有关税种的纳税申报表填写《纳税状况评估意见书》，提出评估意见。凡经审核未发现问题的，税务机关稽核人员填写有关情况，报税务所所长批准后，存档备查；凡经审核发现问题的，由稽核人员填写有关的情况，报税务所所长批准后，作为日常检查的案源，由检查人员实施检查。
(三)特殊税种的申报是指固定资产投资方向调节税、土地增值税和印花税的纳税申报。主管税务机关稽核人员对纳税人上述税种的申报应定期结合纳税人随同申报表报送的有关资料和征管档案，根据纳税人应税项目和应税行为的具体情况，进行审核、评估，提出评估意见。凡通过审核未发现问题的，填写《纳税状况评估意见书》 ，说明有关情况，报税务所所长审批后，存档备查；凡通过审查发现异常或者疑点的 ，由稽核人员填写《纳税状况评估意见书》，提出评估意见，报税务所所长批准后，作为日常检查的案源，由检查人员实施检查。
