日常稽查工作由婉转税司(含增值税专用发票)、所得税司、地方税司和进出口税司分别负责。税务违法案件(含增值税专用发票违法案件)的稽查由稽查局负责；重大税务违法案件(含增值税专用发票重大违法案件)的稽查，流转税司、所得税司、地方税司和进出口税司分别参与。
2、关于政策解释
在稽查工作中出现对各司分管业务的政策解释和认定存在歧义或疑义的，由稽查局转送流转税司、所得税司、地方税司和进出口税司分别提出处理意见，稽查局执行。
四、与农税局的职责划分
有关农业税收稽查的各项工作由农税局负责。
五、与涉外税司的职责划分
1、关于税务稽查职责的划分
涉外税收日常稽查工作(含日常反避税工作)由涉外税司负责。涉外税务违法案件的稽查由稽查局负责；重大涉外税务违法案件的稽查，涉外税司参与。
涉外避税案件由涉外税司认定。一般涉外避税案件由涉外税司处理；重大涉外避税案件转稽查局处理，涉外税司参与。
2、关于政策解释
在稽查工作中出现对涉外税司分管业务的政策解释和认定存在歧义或疑义的，由稽查局转送涉外税司提出处理意见，稽查局执行。
3、关于举报受理工作
涉外税务违法案件的举报由稽查局受理。
涉外避税案件的举报由涉外税司认定，一般涉外避税案件的举报由涉外税司受理，重大涉外避税案件的举报由稽查局受理。
4、关于税务检查证的管理工作
税务检查证归口稽查局统一管理，负责制定管理办法。
六、与征管司的职责划分
1、关于税务稽查职责的划分
日常稽查工作(普通发票、个体税收和中央集中缴库单位的税收)由征管司负责。税务违法案件(普通发票、个体税收和中央集中缴库单位的税收)的稽查由稽查局负责；重大税务违法案件(普通发票、个体税收和中央集中缴库单位的税收)的稽查，征管司参与。
2、关于政策解释
在稽查工作中出现对征管司分管业务的政策解释和认定存在岐义或疑义的，由稽查局转送征管司提出处理意见，稽查局执行。
3、关于税收征管改革工作
税收征管改革工作由征管司牵头，稽查局参与。
4、关于《税收征管法》的修订工作
《税收征管法》的修订工作由征管司牵头，稽查局参与。
5、关于税务司法保卫工作
