第三十九条 各级人民政府要依法加强水污染防治。沿海平原河网区在2000年前实行重点污染总量控制制度，对造成水污染的企业进行整顿和技术改造，并采取综合防治措施，合理利用水资源，减少废水和污染物的排放量。
第四十条 建立保护水资源、恢复生态环境的经济补偿机制。任何生活、生产活动及建设项目必须防止造成水土流失和水污染。造成水土流失和水污染的单位，要负责治理并承担全部治理费用。要求水利工程供水进行河道冲污等污染治理的，也应按标准交纳水费。在运河、渠道、水库等范围内设置或改建、扩建排污口，须经水行政主管部门同意。
第四十一条 鼓励水利技术和水污染防治技术的研究开发、引进消化和普及推广。重点是防洪抗旱御潮技术、河道整治技术、清淤技术、大型水利工程的关键性技术、节水技术、生物处理水污染技术、高浓度有机废水综合利用与处理技术、污水科学排放技术、污水资源化技术及水利建设的新材料、新结构和新工艺。要不断提高水利勘测设计、工程管理、技术设施与装备的现代化水平，逐步建立水利信息网络。
第五章 规划管理
第四十二条 各级人民政府要加强对水利规划工作的领导。组织技术力量，安排必要的工作经费，及时完成水利规划的编制、修改、审批工作。各级水行政主管部门负责统一部署和管理本辖区水利规划工作。水利规划必须由有相应资质的水利规划设计等单位编制，并按规定的程序审查批准。水利规划的修改，必须经原批准单位核准。
第四十三条 各级水行政主管部门要会同有关部门和地区，在2000年以前编制审批钱塘江、瓯江、东西苕溪、甬江、曹娥江、飞云江、灵江、鳌江等八大水系和杭嘉湖、萧绍宁平原以及舟山市的水利综合规划，作为制定水利建设规划及有关专项规划的依据。做好规划实施的检查、监督工作，严禁任何违反规划的建设行为。
第四十四条 在江河、湖泊上建设防洪工程等项目，应当符合综合规划和专业规划要求，其项目建议书或可行性研究报告按照国家规定的基本建设程序报批时，应当附具有关水行政主管部门签署的规划同意书。建设跨河、穿河、穿堤、临河的桥梁、码头、道路、渡口、管道、缆线、取水、排水等工程设施，应当符合防洪标准、岸线规划、航运要求和其它技术要求，其可行性研究报告按照国家规定的基本建设程序报批前，其中的工程建设方案应当经有关水行政主管部门审查同意。
