1、关于查出企业虚报亏损如何处罚问题。
企业虚报亏损是指企业年度申报表中所报亏损额多于主管税务机关在纳税检查中按税法规定计算出的亏损数额。企业多报亏损会造成以后年度不缴或少缴所得税款，主管税务机关应依据《
中华人民共和国税收征收管理法》的规定认定其为偷税，并应处以罚款，具体计算可将查出企业多报的亏损额视为查出相同数额的应税所得，再按法定税率计算出相应的应纳所得税额，以此作为罚款的依据。
2、关于查出企业多报亏损应否补税问题。
企业多报亏损，经主管税务机关检查调整后如果仍然亏损的，可按上述原则予以罚款，不存在补税问题；如果企业多报亏损，经主管税务机关检查调整后有盈余，还应就调整后的应纳税所得按适用税率补缴企业所得税；如果企业多报的亏损已用以后年度的应纳税所得进行了弥补，还应对多报亏损已弥补部分按适用税率计算补缴企业所得税。
六、关于纳税检查中查出问题的处理。
根据国家税务总局国税发(1997)191号、省局苏地税发(1997)189号文件精神，规定如下：
1、企业被查出的以前年度的应税所得，应与被查年度企业已申报纳税的应税所得合并，按适用税率(以下称实际税率)计算补征企业所得税。如果企业被查年度已申报纳税的应税所得适用的税率低于实际税率，还应对已纳税的应税所得按其适用税率与实际税率之差补征所得税。对于查出的应税所得应按33％的税率计算出相应的所得税额，以此作为处罚的依据。
2、在减免税期间查出的问题，属于盈利年度查增所得额部分，对减税企业、单位要按规定补税、罚款，对免税企业、单位可只作罚款处理；属于亏损年度多报亏损的部分，应依照关于纳税人虚报亏损的有关规定进行处理。
3、对纳税人查增的所得额应先予以补缴税款，再按税收征管法的规定给以处罚。其查增的所得额部分不得用于弥补以前年度的亏损。
4、税务机关查增的所得额不得作为计算公益性、救济性捐赠的基数；同时对乡镇企业其查增的所得额也不享受减征10％的政策。
七、关于查补企业所得税的会计处理问题。
在企业对上年度所得税汇算清缴期满(次年二月底)后，被税务及其他有权部门查出：
1、属所得税纳税调整项目中列示的内容(包括其他项目)以内，且不符合税法规定而超标准列支、或不允许列支、或不符合调减规定的数额(包括企业未自行调增、或少调增、或多调减的数额)，则只要按规定计算补税，而不需要进行调帐的“查补税额”数，企业应借记“所得税－查补税额”科目，贷记“应交税金－应交所得税(查补税额)”科目；上交时，借记“应交税金－应交所得税”科目，贷记“银行存款”等科目；期末转帐时，借记“本年利润－所得税(查补税额)”科目(轧减当年净利润)，贷记“所得税－查补税额”科目。企业在所得税纳税申报表申报项目第41行次“查补上年所得税额”中列示；在会计报表的01－1表(应交款项表)企业所得税本期或累计应交数下其中：“查补税额”中列示；在02表(损益表)“减：所得税”行次下增列“其中：查补税额”列示。
