(三)试点企业经过集体协商决定的工资，从成本中列支，在计算应纳税所得额时准予扣除。
列支成本工资总额计算办法：进成本工资总额＝上年职工平均工资(扣除使用工资基金结余部分)×(1＋协商确定的平均工资增长率)×企业当年职工平均人数
(四)试点企业的《协议书》草案，国有(含国有控股)企业应先提交职工代表大会审议；股份制企业和外商投资企业应分别提交职工代表大会和董事会审议。经审议通过后，由双方首席代表签字并加盖公章报出。
(五)试点企业的《协议书》应在工资指导线发布后的两个月内报市劳动局审查(备案)。
(六)《协议书》在履行过程中，因企业生产经营情况发生较大变化，对实现原定工资增长率确有困难，双方协商一致可对有关条款进行修改，修改后的条款经首席代表签字后，报市劳动局审查(备案)生效。
(七)试点企业双方均应认真履行《协议书》，在每年1月底前，双方共同检查上年的《协议书》履行情况，检查结果的书面材料和《劳动工资综合配套试点企业经济效益情况表》经协商双方首席代表签章后报市劳动局。《协议书》履行情况应专题向职工代表大会报告。
(八)市、区、县劳动局对试点企业履行《协议书》情况进行监督。
二、关于经营者年薪制有关问题
(一)试点企业的经营者是指厂长(总经理)，实行公司制的企业包括董事长。
(二)试点企业的主管部门可以成立以劳动、经营(计划)、财务、审计、组织(干部)等人员参加的企业经营者年薪制工作领导小组，按北京市劳动工资综合配套改革试点的规定，负责对本单位试点企业经营者年薪进行管理。
(三)区、县所属试点企业经营者年薪，由本区、县企业的行业主管部门(相关委办)负责商有关部门管理，区、县劳动局应积极做好协调工作。
市属计划单列试点企业经营者年薪，由市主管委办负责商有关部门管理，市劳动局进行协调工作。
(四)严格按照《
公司法》规定设立或改制的股份制企业、外商投资企业，其经营者年薪收入水平及其考核办法由主管部门提出方案，经商企业董事会后由主管部门下达。
(五)确定经营者基薪水平和效益收入的考核指标应从行业特点出发，指标应便于考核操作。
(六)根据原劳动部的批复精神，经营者年薪水平原则上应掌握在本企业职工平均工资的四倍以内；大型、特大型企业或经济效益在本市同行业居领先地位的企业，其经营者年薪水平应控制在本企业职工平均工资的六倍以内，对此，企业主管部门必须从严掌握。
