②审核纳税人的申报数据。依据纳税申报表内各指标之间逻辑关系，对所申报的应纳税额进行逻辑审核。对申报有误的，应及时向纳税人发出《申报错误更正通知》或《税务处理决定书》。
　　③审核增值税纳税申报表、发票领用存月报表、相关发票存根联、抵扣联、发票领用存原始记录等资料之间的数据是否相符。审核专用发票抵扣联是否符合抵扣政策规定。
　　④对防伪税控系统开具的增值税专用发票抵扣联按规定进行认证。
　　⑤运用全国丢失、被盗增值税专用发票查询系统对其抵扣联进行抽查验证。
　　(2)二级稽核的内容和步骤：
　　①按季计算分析纳税人销售额变动率和税负率，计算公式如下：
　　A.销售额变动率＝(本年累计应税销售额－上年同期应税销售额)/上年同期应税销售额×100％。
　　B.税负率＝本年累计应纳税额/本年累计应税销售额×100%
　　将销售额变动率和税负率与相应的正常峰值进行比较。
　　a.销售额变动率高于正常峰值，税负率低于正常峰值的；
　　b.销售额变动率及税负率均低于正常峰值的；
　　c.销售额变动率及税负率均高于正常峰值的。
　　正常峰值，是指纳税人在一定时期内实现的销售额和税负正常变化的上限或下限。即：销售额变动率正常峰值，为纳税人在正常经营的前提下，销售额与上年同期比较，销售额变动率(±)所能达到的最大值；税负率正常峰值，为纳税人在正常履行纳税义务的前提下，由于受市场、季节等因素的影响而使税负率变化所能达到的最小值或最大值。正常峰值由地市级以上国税机关根据本地区不同行业的具体情况分别确定。
　　②根据纳税人报送的增值税纳税申报表、资产负债表、损益表和其他有关纳税资料，做好案头分析工作，对纳税人形成异常申报的原因作出初步判断。
　　A.毛益率分析。根据损益表计算销售毛益率。计算公式为：
　　销售毛益率＝(销售收入－销售成本)÷销售收入×100%
　　若本期销售毛益率较以前各期或上年同期有较大幅度下降，可能存在购进货物(包括应税劳务，下同)入账，销售货物结转销售成本而不计或少计销售额的问题。
　　B.存货、负债、进项税额综合分析。适合于商品流通企业。分析时，先计算本期进项税额控制数，计算公式为：本期进项税额控制数＝[期末存货较期初增加额(减少额用负数表示)＋本期销售成本＋期末应付账款较期初减少数(增加额用负数表示)]×主要外购货物的增值税税率＋本期运费支出数×7%。

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