(二)定期稽核。外经贸主管部门随时受理出口企业上报的退税资料，最迟在2个工作日内完成稽核或提出处理意见。对已经稽核的退税资料，如出现重大问题，稽核部门及有关人员应承担相关责任。
(三)定期审核、审批退税。税务机关随时受理已经外经贸主管部门稽核的退税申报资料，对单证齐全真实、且电子信息核对无误的，应在7个工作日内办完退税审核、审批手续。对有疑问的单证且电子信息核对不上的，要及时发函调查，落实清楚后再办理退税；征税机关应按照国家税务总局的有关规定及时、如实回函，在收到退税机关函调后3个月内必须将函调情况回复发函地退税机关，如因特殊情况确实查不清楚的，应先回函说明暂时查不清的原因以及下次回函的时限。凡经税务机关调查一个生产环节仍查不清、需追溯以往的，应由出口企业负责调查举证，然后报退税务机关复核无误后方可退税。举证有误和在本年度退税清算期内不能举证其出口真实有效的，不再办理退税。
四、分类管理，简化手续
对中央和省局外工贸企业年创汇额3000万美元以上，地市级外工贸企业年创汇额1500万美元以上，近三年未发生骗税或涉嫌骗税，财务制度健全的，按B类企业进行管理。其货物报关出口后，可凭出口货物报关单(出口退税联)、增值税专用发票、增值税税收(出口货物专用)缴款书申报退(免)税。其他凭证(出口收汇核销单、出口发票等辅助凭证)可不按月附送，但须装订成册备查。主管出口退税的税务机关经审核(包括凭证审核、电子信息对审)无误，即可办理退(免)税审批手续。
五、密切部门配合，提高出口退税电子化管理水平
各地主管出口退税的税务机关应尽快完善出口退税电子化管理，严格按照有关规定进行审核。对确因电子信息原因通不过的退税申请，应适当采用人机结合的办法进行审核。并密切同外经贸、海关、外管等部门的配合，加强税贸协作，努力解决出口退税电子化管理过程中出现的问题，提高出口退税效能。
六、税贸联手，防范和打击骗取出口退税
各级国税机关和外经贸主管部门应时刻注意骗取出口退税的新动向，大力加强对外贸企业的有关防范骗税的法律宣传、业务培训和信息沟通，提醒和教育出口企业采取切实可行措施，防范骗取出退税，避免给国家和企业造成损失。
