检查采取以自查为主，税务机关重点检查和抽查相结合的方法，分为自查、重点检查和总结整改三个阶段。各区(县)局、分局应制订检查计划，确定自查和重点检查的时限。对国家机关、人民团体、事业单位、军队的应纳税凭证，也应统一安排力量进行检查。
(一)自查。各区(县)局、分局要发动、辅导应纳税单位和个人认真开展自查，尽量把问题解决在自查中，自查面应覆盖全部征管户数。
(二)重点检查。由于印花税具有涉及面广、收入零星，由纳税人自行贴花完税的特点，重点检查应注重以下几个方面：
1、对房地产开发经营公司与购房户书立的购房合同或以参建联建名义，实为购买现房和期房的购房合同和以租代售合同的检查。
2、对企事业单位、国家机关、人民团体、军队等单位之间或单位与个人之间书立的购房、售房、房屋转让、房屋租赁合同的检查。
3、对银行及非银行金融机构与借款单位签订的借款合同、融资租赁合同、委托贷款合同的检查。
4、对财产保险合同，是指
《条例》列举的财产、责任、保证、信用等保险合同的检查。
5、对有经营旅游项目的单位所书立的购销、加工承揽、货物运输、财产租赁等合同的检查。
6、对技术合同，是指
《条例》列举的技术开发、转让、咨询服务等合同的检查。
7、对关、停、并、转单位和有短期经营行为的单位书立应税凭证的检查。
8、对一些错漏税较多的应税凭证的检查。如工业、商业、物资、外贸部门书立明确双方供需关系，据以供货和结算，具有合同性质的调拨单，要货单据或要货成交单据，企业集团性公司内部所签订的各类计划、加工任务书等，无金额、无数量的购销合同，商品房的预售合同和出售合同，本市房管部门与承租户签订的《公有非居住用房租赁合同》，货物运输、仓储保管业务的结算凭证，银行系统记载营运资金的资金账，企业记载增资扩股的资金账，铁道部所属在沪单位的各类应税凭证，工程建设、施工单位的建设勘察设计合同，建筑工程承包合同(总包、分包、转包)。应深入到企业内部予以检查。
(三)重点检查面。本次对纳税单位和个人的重点检查面，可由各区(县)局、分局结合本局年内户管检查计划予以确定。
(四)总结整改。各区(县)局、分局要将自查和重点检查的情况，认真按期填写《印花税纳税检查统计一览表》，检查结束后要作出检查小结，包括查出的主要问题、错漏原因及征管措施，并于六月十日前书面报市局地方税处。市局则在总结全市印花税纳税检查成果的基础上，于七月底召开全局系统的印花税纳税检查总结交流表彰会，提出并落实相关的整改措施。
