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㈠清理检查前的准备阶段
这一阶段时间为7月15日至7月26日，其主要工作内容包括：
⒈制定清理检查工作实施方案和清理检查工作的具体流程，设计、印刷本次稽查工作所需的各种文书和其他备品。
⒉同公安部门等有关部门进行协调，争取得到相关部门的积极支持和配合。
⒊对市局集中人员进行进户前的培训，以便统一操作规程，提高工作效率。
㈡核查企业基本情况及封调发票存根
这一阶段的时间为7月27日至8月2日，这期间工作的主要任务由市局集中人员承担，主要任务是调取企业已使用过的发票存根联，并核查企业基本情况，具体内容包括：
⒈填写《企业基本情况表》。填写时要核对法人代表身份证、税务登记证、营业执照、电话号码、经营地址、1997、1998年度 销售额及已纳税额，力求准确反映纳税人的自然状况(《企业基本情况》见附件2)。
⒉在核对发票领购簿的基础上，将增值税一般纳税人已使用完的增值税专用发票和小规模纳税人已使用完的部分普通发票封存调取。
⒊在封存纳税人发票时，必须逐张清点每本发票的实际数量，并认真准确填写《调取发票存根联清单》的每个项目(《调取发票存根联清单》见附件3)。在封存纳税人发票过程中如发现纳税人有丢失发票或发票领购簿的，应按有关规定即时予以处罚。
⒋对属分支机构的业户，如其使用的发票由总机构统一领购，且发票存放地在总机构的，检查人员应及时与纳税人总机构主管税务机关取得联系，由对方负责将纳税人总机构发票进行封趣调取，并于三日内送市局清理检查工作办公室。
⒌负责对纳税人发票进行封存调取的各工作小组，每核查完一户企业，应及时将封存资料送到现场办公室，以防丢失。在送交封存资料时应严格履行交接手续，封存资料由现场办公室统一保管存放。
⒍在发票封存调取期间，各工作小组，要注意发现疑点，提供重点稽核目标。
㈢抽样稽核
这一阶段的工作时间为8月2日至9月20日，其主要的工作内容包括：
⒈由清理检查办公室将已封存的发票，抽样后传送至购货方主管税务机关，各基层局接到函件后，应按照《关于规范异地协查增值税专用发票函件工作办法的通知》(大国税发[1997]32号)的要求，及时组织人员到企业进行实地核查。核查人员要认真填写《增值税专用发票检查函件稽核检查底稿》，并及时报送到清理检查工作办公室。
⒉各分局核查人员在核实清理检查办公室转来函件的同时，应对受票单位的会计凭证进行分析，并将该企业从站前机电化工市场取得的其他增值税专用发票(发票联复印件)，反馈市局进行稽核。为配合反馈稽核，市局将下发“站前地区机电化工行业企业名单”；各分局应采取有效措施增加反馈稽核增值税专用发票的数量，各分局提供给市局反馈稽核的增值税专用发票原则上应不少于100份。
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