1、土地权利人不按规定时限办理年检手续的，土地管理部门可责令其限期补办年检手续；限期内仍不补办的，可报经原颁发土地证书的政府批准，宣布其土地证书无效。
2、土地权利人未办理年检手续或年检不合格的，土地管理部门对其国有土地使用权转让、出租、抵押以及企业改制、改变用途、商品房过户等交易行为，不得办理有关用地审批和土地登记手续。
3、国有土地使用权转让未办理变更土地登记手续的，土地管理部门除依照《中共中央、
国务院关于进一步加强土地管理切实保护耕地的通知》(中发[1997]11号)规定，按国有土地使用权非法转让进行查处外，还可按以下要求进行处理：
(1)法律规定国有土地使用权不得转让的，查处其无效转让。
(2)法律规定国有土地使用权可以转让，但未办理有关用地审批手续的，土地权利人必须经依法处理、补办用地审批手续、按规定补交出让金等土地收益后，方可办理变更土地登记手续。
(3)法律规定国有土地使用权可以转让，并已办理有关用地审批手续的，可直接办理变更土地登记手续。
(4)按上述(2)、(3)条处理的已转让国有土地使用权，土地管理部门应按照国家税务局、国家土地管理局《关于土地增值税若干征管问题通知》(国税发[1996]4号)和《
关于契税征收管理有关问题的通知》(国税发[1998]31号)的有关规定，将上述转让情况通报当地税务部门。
4、土地权利人擅自改变土地用途和不按规定进行国有土地使用权出租、抵押的，由土地管理部门依法查处，并令其补交土地收益。土地权利人在完备有关手续后，方可办理变更土地登记手续。
按综合用途出让的国有土地使用权分割转让后，土地权利人依照法律、法规和出让合同的规定按综合用途中的单一用途使用土地的，不属于权利人擅自改变用途。
5、在年检期间，属1999年4月1日以后按规定已办理或正在办理中的变更土地登记，不再进行年检。
6、年检中发现土地证书错登、漏登的，土地管理部门应当进行更正登记，更换土地证书；发现土地登记资料不完整、不齐全的，土地管理部门应当补充完善。
7、年检中发现国有土地使用权变更而未及时进行地籍图件变更的，土地管理部门要组织有关人员对地籍图件进行修测和补测，以保持地籍图件的现势性。
