(二)清理检查工作本着“自查从宽、被查从严”的原则，分别情况，认真处理，在自查阶段查出的问题，可从轻处罚，对自查不认真和抗拒检查的应按规定从严惩处；情节严重，构成犯罪的应移送司法机关依法追究刑事责任，并公开曝光。在检查清理过程中，要做到定性准确，宽严适度，程序合法，手续完备，边检查、边处理、边结案。
(三)对查出的重大问题要专门立案，认真查处，不受清查时间的限制。对于发票印制和防伪专用品生产企业，有不符合发票印制和防伪专用品生产条件的，要取消其定点资格。查出的案件涉及到其他经济犯罪行为的，应先按照税收法律、法规的规定给予处理后，再送有关部门查处。
七、组织领导
(一)加强领导，组织落实。
全面清理检查发票是新税制实施以后的第一次，涉及面广，情况复杂，工作量大，政策性强。各主管税务机关要高度重视，加强领导，精心组织，合理安排，成立强有力的领导班子。各分局主要领导要亲自抓，并配备得力干部以确保这项工作顺利进行。要统一广大税务干部的思想，认真做好清理检查工作。发票清理检查工作要与税收宣传、日常税收检查和个体工商户税收定额的核定和调整等各项工作结合进行。
(二)加强配合，增强力度。
为了搞好这次全国性发票的清理检查，有力遏制利用发票犯罪的行为，各主管税务机关要主动向各级政府汇报，加强与公安、工商、检察等有关部门，特别是加强与公安部门的配合，按照《国家税务总局和
公安部关于开展打击伪造倒卖发票犯罪活动的联合通知》的部署，有计划、有针对性、有重点地联合组织突击检查，端掉一批非法印制、倒卖发票窝点，打击一批利用发票进行违法犯罪分子。对清理检查中涉及外地企业单位和个人的问题，要及时与当地税务机关取得联系，要求协查；各主管税务机关都要重视协查工作，指定专人负责，及时反馈信息和情况。
(三)边自查、检查，边处理
各主管税务机关，在自查和检查中如发现需取消一般纳税人或需清理销毁发票等等问题，经正常审批手续后，可由各分局按规定处理；有重大问题和案件需及时上报市局后，再行处理。
(四)及时整改，注重实效。
各主管税务机关要通过发票的清理检查，进一步贯彻落实
发票管理办法和实施细则，切实作好发票集中印制、严格发售、规范开具和取得，强化检查与处罚等发票管理工作。力争使发票管理工作得到明显改善，使发票管理进一步步入法制化、规范化、制度化的轨道，提高发票管理水平。
