一、清查债务的目的
清查乡村两级债务的目的是：全面摸清乡村两级债务状况，明确债权债务关系，为消化解决业已形成的债务、遏制不良债务的增加奠定基础，防范和化解农村金融风险，保持农村社会稳定，进一步提高集体资产的质量，建立健全农村集体资产的运营机制，促进农业和农村经济健康发展。
二、清查债务的范围与内容
清查乡村两级债务的范围是：乡村两级的各种债权债务。乡级包括乡(镇)政府和乡镇集体经济组织(不含乡镇供销社和农村信用社)；村级包括村集体经济组织和代行集体经济组织职能的村民委员会、村民小组。乡(镇)办和村办企业经营性债务、债权暂不列入清查范围。
清查乡村两级不良债务的内容是：1998年12月31日以前乡村两级自身的各种债务、债权和担保形成的各种债务。
三、清查债务的方法和步骤
按照国务院办公厅和农业部《通知》要求，清理债务工作应把清查和处理分开，采取先清查、后处理的办法。具体清查方法参照农村集体资产清产核资中债权、债务清查的有关规定执行。这次清查工作，自1999年8月开始，1999年10月底前结束。1998年12月31日为债务清查的时间点。清查工作按以下步骤进行。
(一)宣传发动
这一阶段的主要任务是：根据有关文件精神和本方案拟定本地实施细则；安排部署；印制债务清查报表；编印培训教材，培训债务清查工作人员。
(二)清查试点
各市地选择问题较多的地方进行试点。试点工作主要是深入摸清情况，探索报表的填制程序和方法。目的在于总结经验，指导全面工作。
(三)乡村自查
乡村两级债务清查以乡(镇)、村自查为主。各乡(镇)、村都要成立自查小组，乡(镇)自查小组由乡(镇)主要领导负责，抽调乡财政所和农经站等单位人员，并吸收各村的主要负责人参加；村自查小组由村组干部和村民代表组成。清查工作要以会计账册为依据，账内账外相结合，注意听取群众的意见。对群众反映突出的问题要重点清查。村民小组的债务、债权包括在村级，其清查结果由村级汇总。各县(市、区)要组织人员巡回检查，随时解决自查中的问题。
(四)公布清查结果
乡村自查工作结束后，村级要按照清查项目，向村民逐项公布。乡镇清查中，凡涉及村级债权、债务的，要在所涉及村的干部、群众中进行公布。在公布清查结果时，要结合当地的情况，向群众讲明债务、债权形成的原因和清理债务的有关政策。公布清查结果之后，要针对群众提出的问题，进行复查。清查结果经群众认可后，村级《报表》由民主理财小组负责人、村集体经济组织主要干部分别签字，乡级《报表》由乡镇主要负责人和村干部代表分别签字，方可汇总上报。债权、债务清查的有关指标要与农村集体资产清产核资中的有关指标相协调。
