1．各级财政部门要严格按照经本级政府批准的整顿方案，正确安排和使用现有存量和回收的有偿资金。清理整顿后，现有存量和回收资金要重点用于归还上级财政债务、弥补历年财政赤字、解决财政挂帐、增补预算周转金；在财力可能的情况下，也可保留、设置一定的国有企业改革脱困、下岗职工基本生活保障与再就业、扶贫、财源培植、农业、教育、科技等方面的无偿使用专项资金。
2．其他政府职能部门现有和回收的有偿资金，已申报并经同级财政审核、政府批准整顿方案的，原则上按方案规定的使用方向和财政预算内及预算外资金管理有关规定继续使用。
3．各级财政、审计部门要加强对财政和部门有偿使用资金清理整顿的监督、指导，对不按规定申报、整顿措施不力、弄虚作假的或不按财政预算内外资金有关规定管理使用资金的，一经发现，除通报批评外，一律予以没收或相应核减财政拨款。上级财政、审计部门要对下级清理整顿情况进行检查，对违纪资金，哪一级审计检查出来的，收归哪级财政。
4．各级政府和财政部门要妥善解决整顿有偿资金后对地方经济发展的扶持引导方式问题。对过去有偿资金长期支持并确属政府职能范围内的事项，可采取政策性补贴、贴息和其他无偿方式继续给予支持。要积极研究和探索市场经济条件下政府扶持、引导、调控社会经济发展的职能手段，尽量减轻有偿资金取消后对经济发展、社会稳定的负面影响。
四、清理整顿工作的方法和时间、步骤
清理整顿工作按照“上级监督指导、分级负责整顿”的原则，采取内部自我整顿与外部督促检查相结合的方法进行。全部工作用两年时间完成，具体划分为以下几个阶段：
(一)自查阶段(1999年1月1日～10月31日)：
主要内容：按规定停止发放有偿资金，清理核实债权债务，核对账目，采取措施回收到逾期债权，按本方案第二条第二点规定，申报资金管理情况，制定有偿资金整顿方案等。自查阶段工作必须在10月底以前结束。省级各部门、各地州市财政局要在10月底以前将自查报告报省财政厅(包括文字材料和附表)。
(二)重点检查阶段(1999年10月1日～12月31日)：
主要内容：按照中央和省的有关规定，根据各地区、各部门上报的自查报告情况，各级政府清理整顿工作领导机构组织审计、财政、监察及其他有关部门对各地、各部门有偿资金清理整顿情况进行重点检查，找出存在的问题，对不按规定申报、自查情况不实、弄虚作假的单位，除通报批评、限期整改外，还要追究有关部门领导的责任。各地州市重点检查情况，应于12月31日以前报送省财政厅。省财政厅于2000年1月将全省有偿资金清理整顿情况汇总报省人民政府。
