本次清理分为三个阶段：
第一阶段为准备阶段：这一阶段主要是宣传发动，在《大连日报》、大连电视台发布通告。市局召开动员布置会议，各基层局以各种方式宣传讲解本次清理的目的意义、政策规定，做好集中清理的准备工作。市局抽调组织人力，进行培训。
第二阶段为自查补报阶段：从11月15日至25日。由各单位自行到所在地地方税务机关办理税务登记、代扣代缴登记，并申报缴纳应纳税款或代扣的税款。各基层局要严格按照市局规定的征管范围，办理登记和纳税事项。
第三阶段为集中清理阶段：从11月26日—12月25日。市内四区各分局、区局各选派10名检查人员，并由1名副局长带队。由市局机关统一调动，组成清理小组。采取属地或交叉方式对行政机关、事业单位及社团组织应办理税务登记或代扣代缴登记情况，应缴纳的地方各税全面进行清理。基层局也要集中时间和人员清理本区域行政机关、事业单位及社团组织办理登记和申报纳税情况。
第四阶段为建章建制阶段：各基层局对自行办理税务登记、代扣代缴登记和清理出来的漏办登记户要建立登记台账，建立健全登记手续，明确纳税事项，规范纳税行为，纳入日常管理。
五、清理的时限和政策界限
本次主要清理1996年至现在行政机关、事业单位及社团组织依法办理税务登记、代扣代缴登记情况，依法缴纳税款、代扣代缴税款情况。对重大事件或偷税数额较大的，可以追溯到以前年度。
本着自查补报从宽，被查从严的原则，凡纳税人、扣缴义务人自查自纠主动补缴税款的，可只补税不罚款，不课征滞纳金。被税务机关在清理中发现的违规行为，必须课征滞纳金并给予应纳税额1倍以上5倍以下的罚款。
六、组织领导
为做好这次清理工作，市局成立领导小组。组长：程凤珍。副组长：李圣君。成员：刘壮志、栾媛、金万世、刘斌、关学军、李尔恭、刘德明、张志华、张洪泽、谢荣登、梁科江。清理的日常工作由个人所得税处负责。
基层局也应成立相应的组织，并指定一名副局长具体负责清理工作。
七、几点要求
1、此次清理行政机关、事业单位及社会团体纳税事项，规范纳税行为，是多年来没有的。这不仅仅是缴多少税的问题，而是树立良好纳税形象，营造良好税收秩序的大事。各级地方税务局一定要高度重视，精心组织，严密工作，抓出成效来。
