二、 关于“免、抵、退”税办法的若干政策、管理问题
(一) 政策问题
1、计税依据的计算问题 “免、抵、退”税办法计算公式中“当期海关核销免税进口料件组成计税价格”暂以进口料件的到岸价格为准，
若进口料件发生内销，无论海关是否已补征税款，均应扣回已“虚拟”的税额，即增加“当期出口货物不予免征、抵扣和退税的税额” “当期出口货物不予免征、抵扣和退税的税额”的计算应填列“生产企业自营(委托)出口货物免、抵、退税申报附表”，当期出现负值按零计算，差额结转下期继续计算。
2、进项税额划分问题 外商投资企业兼营免税货物的，其进项税额应在财务账上划分清楚内、外销和免税货物耗用部分，确实无法划分清楚的，按内、外销和免税销售额计算比例按月计算划分，季度汇总时不再重新计算，年度清算时按全年实际外销比例划分进项税额。
3、“增值税纳税申报表”中有关栏次的填报问题 若企业得到退税款的当月“免抵退货物已退税额”大于“进项税额合计”与“上期留抵税额”之和时，即“增值税纳税申报表”的第24栏出现负值时，当月按零计算，差额(负值)计入“期末留抵税额”(第29栏)中结转下期继续计算。
4、选择执行出口退税办法的老外商投资企业进口材料加工或委托加工不直接出口，而是再转让给外商投资企业的，不再执行《
国家税务总局关于外商投资企业从事“来料加工”、“进料加工”及生产销售国际中标产品税收问题的通知》(国税发[1994]239号)第
一条规定，应按规定征收增值税、消费税。
5、单证不齐和退关退运问题 实行“免、抵、退”税办法的外资企业货物出口销售收入实现后，必须在当期“增值税纳税申报表”如实反映出口货物应税销售额，出口销售额与实际取得退税单证的销售收入的差额即为单证不齐销售额，按照《
国家税务总局关于外商投资企业出口货物未取得法定的退(免)税凭证税务处理问题的批复》(国税函[1997]538号)的规定应申报纳税，即在计算应纳税额时增加当期内销货物销售额，同时在计算“当期不予免征、抵扣和退税的税额”时抵减单证不齐销售额。 外商投资企业出口货物发生退关退运未内销的，可直接抵减出口销售收入；发生内销的，应比照上述单证不齐的办法处理。
6、关于“免、抵”税款调库问题 外商投资企业实行“免、抵、退”税办法后，对其以进料加工方式出口货物的“免、抵”税款应按照《
国家税务总局关于明确出口退税几个政策问题的通知》(国税函[1998]720号)第
一条规定的公式计算调库。
