(三)关于小规模商业企业开具税收专用缴款书的征收率和退税率问题
根据国税发[1999]101号《国家税务总局关于印发＜出口货物退(免)税若干问题的具体规定＞的通知》中规定：自1999年7月1日起，凡划转为小规模商业企业的市县外贸企业、农业产品收购单位、基层供销社销售给出口企业或市县外贸企业用于出口的货物，税务机关按4%的征收率计算征收增值税并开具税收(出口货物专用)缴款书，货物出口后，除农产品按5%的退税率退税外，其他产品均按6%的退税率办理退税。
(四)关于对农产品开具专用缴款书的征收率问题
根据国税发[1999]101号文规定：自1999年7月1日起，对农业产品收购单位、基层供销社销售给出口企业和市县外贸企业用于出口的农业产品，税务机关按5%的征收率计算征收增值税并开具税收(出口货物专用)缴款书。
(五)外高桥保税区内贸易性老外商投资企业的退税问题
按照国家税务总局国税发[1999]189号文件和上海市国家税务局沪国税退[1999]29号文件的精神，本市外高桥保税区内1993年12月31日前批准成立的贸易性外商投资企业，在1999年11月1日后报关离境并在财务上作销售的出口货物，可与其他外贸企业一样按照国家税务总局国税发[1996]79号文件实行计算机管理，申报方法和单证要求按照上海市国家税务局沪国税退[1996]55号文件办理。本类型企业同样纳入99年度清算的范围。
三、关于1999年度出口退税清算的基本方法
(一)关于日常退税中计算机申报退税的清算方法
1999年度本市外贸企业的出口退税申报基本上全部采用计算机数据的盘片申报。(国际招标国内中标产品、国产钢材“以产顶进”和出口卷烟等特殊出口业务除外、这些特殊出口业务按照国家税务总局文件分别规定的年终清算方法采用手工清算的形式进行清算(后述)，这些特殊出口业务的清算结果将统计在发生这些业务的外贸企业的年度清算汇总表内)。因此，本年度出口退税清算采取与1998年度出口退税清算中计算机申报退税的申报方法基本相同的方法进行。即采取我处下发1999年度出口退税清算程序，外贸企业根据清算程序要求将日常计算机申报的各种数据在下发的清算程序中调整完成，并将数据通过申报盘片方式上报我处审核清算。
(二)关于出口卷烟免税核销和清算方法
出口卷烟的免税核销根据本市的实际情况，采取年度核销的管理办法。中国烟草上海进出口公司在年末应根据国家税务总局的要求，将年度卷烟出口计划分品牌、数量，填列“年度免税出口卷烟计划表”，同时根据我处已批准的“准予购进免税出口卷烟证明”和征税税务机关的已免税证明填列“年度卷烟批准购进及已免税情况表”。
