(一)办公室(机关党委、机关工会)
起草和审核有关文件和报告；负责会议组织、秘书事务。信息综合、文电处理、文书档案管理和机要保密工作；制定机关内部规章制度；负责局机关及所属事业单位的机构编制。人事管理、老干部服务和党群工作。财务管理职能按有关规定执行。
(二)规划计划处
拟定全省水利发展规划、计划；编制、审查大中型水利基建项目建议书、可行性报告；拟定水利行业的经济调节措施，按规定检查、监督全省水利资金的使用；负责水利综合统计工作；指导水利行业的多种经营工作。
(三)水资源水土保持处
拟定并实施水利法制建设规划、水土保持工程措施规划和地方性水法规、规章；指导全省水政监督、水行政执法工作；承办水资源统一规划、管理和保护工作，按规定实施取水许可制度和水资源费征收制度；组织水功能区的划分和向饮水区等水域排污的控制；监测江河湖库水质，审核水域纳污能力，提出限制排污总量意见；承担全省水资源公报的发布工作；负责全省水土保持工作，组织水土流失的监测和综合治理；指导、监督节约用水工作；指导全省水文工作；指导、承办行政复议、应诉工作。
(四)建设与管理处
组织实施管理和保护河道、水库、湖泊等水域及岸线、河堤、海堤的规章制度与技术标准；组织实施水利行业技术质量标准；管理水利基建项目和江海堤防工程的建设；指导城市防洪工程建设；指导江河的综合治理与开发；指导水库、水电站大坝的安全监管；组织指导对江海堤和水利工程的防洪安全管理；负责水利科技工作。
(五)农村水利处
拟定并组织实施全省农田水利基本建设和全省灌区工程建设改造挖潜计划；负责全省灌区计划用水、农业节水和节水技术推广工作；组织和指导全省农田水利工程管理体制改革与乡镇水管站、农村水利社会化服务体系建设；指导乡镇供水、农村饮水、农村水电工作。
(六)省防风防汛抗旱总指挥部办公室
承办省防风防汛抗旱总指挥部的日常工作。组织协调人工降雨和抗旱服务工作；拟定并监督实施主要江河和大中型水库防洪调度方案；制定江河、水库和城市防洪预案；组织水利工程安全检查工作；组织指导防灾救灾、防洪抢险工作；负责风、水、旱情统计和灾情通报。
三、人员编制
省水利局行政编制42名，其中：局长(副厅级)1名，副局长(正处级)2名；正副处级领导职数16名(含副局长、机关党委、机关工会领导职数)。机关工勤人员财政预算拨款事业编制5名。
