第二阶段(2000年7—8月)：全面调查，清理登记。由各级清理整顿工作协调小组牵头，组织有关部门对现有木材加工企业进行一次清查、登记、造册，摸清木材加工企业的现状。
第三阶段(2000年9月—2001年2月)：对照要求，进行整顿。由省计经委会同省农林厅制订整顿标准。在清查基础上，对照标准，重点对一些无证无照、产品质量低劣、加工设备简陋的不合格企业坚决予以关、停、并、转，对符合标准的企业核发新证。
第四阶段(2001年3月)：检查验收，巩固提高。在全面整顿结束的基础上，由省清理整顿工作协调小组组织有关部门进行检查验收，对未按要求进行整顿的，追究责任，限期完成整改任务，为实施规范化管理打下基础。
四、清理整顿中须注意的几个问题
(一)突出重点，稳步推进。清理整顿的重点要放在无证无照及产品质量低劣的小木材加工企业，扶优治劣，规范引导。促进木材加工业健康发展。
(二)培育一批木材加工龙头企业。对木材加工龙头企业的改、扩建及购置或引进先进设备，优先安排一定的技改贴息资金，支持其提高产品档次，扩大生产规模。有关银行对木材加工龙头企业的贷款、利率、期限等方面予以适当优惠；对木材加工龙头企业定额征收育林基金，按有关规定适当减免企业所得税；在进口指标、税收等方面鼓励企业进口原木。
(三)加强林业资源保护，大力开展植树造林。认真贯彻《
森林法》及《
森林法实施条例》，严格限额采伐制度，禁止无证砍伐林木。各木材加工经营企业不得收购无证采伐的林木。违者依法严加惩处。建立健全林业执法体系，加强林业公安队伍建设，加大执法力度。推进林业产权制度改革。支持、鼓励有条件的地方“退耕植林”，减免农林特产税，实现造林、采伐、加工良性循环，保证林木蓄积量的稳定增长。
(四)有关部门要密切配合，通力合作。计划部门要强化项目管理，对新上木材加工项目进行可行性研究论证、立项审批，切实加强对木材加工业发展的宏观指导；林业部门要会同有关部门制订木材加工业发展规划，加强行业指导；工商部门要加强对木材市场的管理，规范市场行为；技术监督部门要加大木材加工产品质量检查监督力度；国土部门要严格用地审批。各地要对木材加工业严格执行木材加工经营许可证制度，木材加工企业必须向县级以上林业行政主管部门申领木材加工经营许可证后，方可进行工商登记，领取营业执照。林业行政主管部门对无木材加工经营许可证的企业不予核发木材运输证。
