(十一)负责机关及直属单位机构编制和人事管理；协助各地(市)党委、政府(行署)对地(市)环境保护部门实行双重领导。
(十二)监督、指导各地(市)和有关部门的环境保护工作；指导全省环境保护系统行政管理体制规范化建设。
(十三)承担省人民政府、国家环保总局交办的其它事项。
三、内设机构
根据上述职责，省环保局设8个职能处(室)和机关党委：
(一)办公室(宣传教育处)
协助局领导组织协调机关工作；拟订局机关各项规章制度，并监督执行；负责局综合性会议的组织工作，督查、督办会议决定的事项；承担文电、信访、公众举报、机要、保密等工作；承办全省各级政府和部门环境保护目标责任制的制定和考核；组织、指导和协调全省环境保护宣传教育工作；推动公众和非政府组织参与环境保护；促进各类学校的环境保护教育工作；承办环境保护社会表彰工作。
(二)法制与监理处
拟定山西省环境保护法规和行政规章；开展环境保护政策研究；组织对省重大经济和技术政策进行环境影响评价工作；指导和协调解决各地(市)、各部门以及跨地区、跨流域的重大环境问题；调查处理重大污染事故和生态破坏事件；协调地区间环境污染纠纷；承办环境保护行政处罚。行政复议和行政诉讼的应诉工作；负责省环境监理和环境保护行政稽查工作；组织开展对全省各级政府和部门贯彻执行国家和省环境保护法律、法规的检查活动。
(三)规划与财务处
组织编制省环境保护规划和计划；拟定和监督实施省重点区域、流域污染防治规划和生态保护规划；参与制定全省国民经济与社会发展规划和计划；审核城市总体规划中的环境保护内容；拟定并组织实施全省污染物排放总量控制计划和跨世纪绿色工程规划；负责省环境监测、统计、信息工作；组织建设和管理全省环境监测网和环境信息网；组织编制、发布省环境质量报告、环境状况公报和环境统计年报；编制省环境保护补助资金安排计划；负责局机关财务和后勤行政管理；归口管理环境保护国际合作交流；承办省内环境保护对外合作项目。
(四)开发监督处
组织实施建设项目环境影响评价和“三同时”制度；审定省管开发建设活动环境影响报告书；负责环境保护设施的“三同时”监督管理及竣工验收工作；管理建设项目环境影响评价资格证书的考核发放工作。负责辐射环境、放射性废物管理工作；对电磁辐射、核技术应用、伴有放射性矿产资源开发利用中的污染防治实行监督、管理；对放射性废物实施安全监督、管理；参与核事故、辐射环境事故应急工作。
(五)污染控制处
负责全省大气、水体、土壤、固体废物、有毒化学品、噪声以及机动车等的污染防治工作；组织实施排污申报登记、排污许可证、污染源限期治理和达标排放、城市环境综合整治定量考核、有毒有害废物经营许可、行政代执行等环境管理制度；组织编制省环境功能区划；指导城乡环境综合整治；审查污染治理方某并监督实施；对环境污染防治设施实施监督、管理；指导清洁生产和污染防治示范工程建设；承办可用作原料的废物进出口许可工作。
(六)自然生态保护处
