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组织起草有关科技方面的地方性法规、规章草案；研究制订科技体制改革的总体规划和政策措施；配合有关部门研究提出加强有关科技知识产权保护的政策；负责本市科研院所的转制工作；负责审核科研机构的组建和调整；对本部门制定的规范性文件进行合法性审核；负责行政执法监督工作；调查研究有关法律、法规、规章和政策的执行情况；承办本机关的行政复议、行政赔偿案件和行政诉讼的应诉代理工作；组织行政处罚听证工作。
(三)发展计划处
研究提出本市科技发展的布局和优先发展领域，推动本市高新技术产业发展和科技创新体系、科技服务体系的建设；组织制订本市科技发展中长期规划，编制年度计划；提出科技计划的协调、综合平衡和经费配置的建议；协调重大新技术攻关项目的实施；研究提出本市国家工程研究中心、重点实验室、高新技术实验室的建设规划；组织编制、修订科技项目管理办法；研究制订本市关于科技成果的政策和办法；负责科技统计、科技信息工作；配合有关部门组织技术出口和技术引进工作。
(四)条件财务处
负责市级科学事业费、科技“三项费”、科技专项经费和科技发展基金预算、决算及监督管理；负责筹措调度科技资金；推动科技经费的财务改革和财务会计制度的实施工作；研究科研条件保障方面的工作；负责指导管理单位的财务审计工作；负责制订直属单位基本建设计划并组织实施；负责直属单位国有资产的监管工作；负责试验动物的管理工作。
(五)高新技术产业化处
负责本市高新技术企业的认证工作；制订高新技术和产业化发展的规划、措施并组织实施；研究制订本市高新技术产业发展的相关政策；负责技术创新服务体系的建设；指导火炬计划项目实施。
(六)信息技术处
研究制订并组织实施促进本市信息技术、软件设计和光机电一体化领域发展的科技、政策及有关计划；负责相关领域科研项目的选题、论证、定题以及重大科技攻关项目的组织实施与协调工作；制订传统产业科技发展战略、规划和措施，并组织实施，推动传统产业的科技体制改革；负责相关领域的重点实验室、高技术实验室、工程研究中心、科研中试基地的建设、发展工作。
(七)生物医药与新材料处
研究制订促进本市生物技术、医疗医药技术、新材料领域发展的科技计划、政策，并组织实施；负责相关领域科研工作和重大科技项目的选题、论证、定题以及重大攻关项目的实施；推动相关领域的产业化建设；负责相关领域的重点实验室、高新技术实验室、工程研究中心、科研中试基地的建设和发展工作；承办生物工程和新医药产业方面的有关工作。
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