(一)办公室(人事监察处)
协助局领导处理日常工作，协调机关各处、室的工作；拟定机关规章制度，检查督促重要事项的落实；承办局机关的文秘、信访、统计、档案、保卫、保密等工作；对宗教工作中的重要问题进行调查研究；承办局机关及各宗教团体、宗教院校和直属单位的人事劳资、干部教育、机构编制、行政监察及专业技术人员的评聘、离退休人员的管理服务等工作，承办局机关行政管理和党群组织的日常工作。
(二)政策法规处(挂外事处牌子)
研究全省宗教情况及存在的问题，提出建议和意见；起草宗教方面的地方性法律、法规和规章，指导各地宗教法制建设工作，推动有关宗教法律、法规、政策的宣传教育和贯彻实施；承办涉及宗教政策问题的文章、材料、书刊及音像制品的审读，承办有关宗教信息的收集、整理以及宗教工作方面重要文件的汇编、《四川宗教》的编辑发行，负责局内综合性文件的起草；承办局机关及各宗教团体、宗教院校和直属单位的对外交往事宜，办理我省宗教涉外事宜。
(三)业务一处
承办佛教、道教、伊斯兰教方面的工作。对有关重大问题进行调查研究并提出政策性建议；联系有关宗教团体、宗教教职人员；帮助有关宗教团体搞好自身建设，办好宗教院校，培养、教育宗教教职人员；检查督促有关宗教法律、法规和政策的落实；研究、指导处理少数民族地区的有关重大宗教问题；审批在有关宗教团体内部使用的宗教出版物的印刷。
(四)业务二处
承办天主教、基督教方面的工作。对有关重大问题进行调查研究并提出政策性建议；联系有关宗教团体、宗教教职人员，帮助有关宗教团体搞好自身建设，坚持独立自主、自办教会和“自治、自养、自传”的方针管理教务、办好教会，办好宗教院校，培养、教育宗教教职人员；检查督促有关宗教法律。法规和政策的落实；审批在有关宗教团体内部使用的宗教出版物的印刷。
机关党总支部委员会
负责局机关及直属单位的党群工作。
四、人员编制和领导职数
省宗教事务局机关行政编制为23名(不含1999年度军队转业干部编制1名)。其中：局长1名，副局长1名；处级领导职数9名。
设置纪检(监察)专员，与机关党总支部委员会书记交叉兼职，按省委规定配备。
机关服务人员事业编制3名。
离退休干部工作人员编制另行核定。
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