(二)药品注册与医疗器械处
组织审评省内新药、仿制药品、进口药品、中药保护品种；组织拟定、修订云南省地方药品标准，负责药品的再评价及新药临床试验(验证)的初审工作；负责医院制剂、药用包装材料生产品种和企业的审批工作；指导全省药品检验机构的业务工作。审批省内医疗器械生产、经营企业；核发医疗器械产品注册证和生产、经营许可证；监督检定、抽验医疗器械生产、经营、使用单位的医疗器械质量；依法查处制售假劣医疗器械的行为和责任人；发布医疗器械质量公报；对医疗器械临床试用、临床验证单位进行注册；审批医疗器械广告。
(三)安全监管处
贯彻实施国家处方、非处方药分类管理制度；负责药品不良反应监测及临床药理基地的管理工作；贯彻药品生产质量、医疗单位制剂管理规范并监督实施；贯彻药物非临床研究、临床研究质量管理规范并监督实施；依法监管麻醉药品、精神药品、毒性药品、放射性药品及特种药械；依法核发药品生产、医疗单位制剂、易制毒化学物品许可证。
(四)市场监督处
贯彻药品流通的法律法规并监督实施；实施药品批发、零售企业资格认定制度和处方药、非处方药、中药材、中药饮片的购销规则；贯彻
药品经营质量管理规范并监督实施；核发药品经营企业许可证；监督检定、抽验药品生产、经营和医疗单位的药品质量；发布省药品质量公报；依法查处制售假劣药品和其它违反药品管理法规的行为和责任人；监管中药材专业市场；审批药品广告。
(五)人事教育处
负责组织实施全省药品生产经营企业、药品检验机构的药学专业技术人员职称评定工作；负责执业药师(含执业中药师)的注册和管理工作；负责药品监督员的考核、管理工作；负责全省各级药品监督管理部门的机构编制和领导干部的管理工作；负责局机关、直属单位的机构编制、人事劳动工作。
机关党委。承办局机关和直属单位的党群工作，与人事教育处合署办公。
四、人员编制
省药品监督管理局机关行政编制为35名。其中：局长1名，副局长2名，处级领导职数12名(含机关党委专职副书记)。
离退休干部工作机构及编制，按有关规定另行核定。
省药品检验所、省医药产品质量检测站、《中国医药报》驻云南记者站为省药品监督管理局直属事业单位，其人员编制按有关规定另行核定。
