大部分具有市场开发潜力或面向市场能力的公益型科研机构要向企业化转制，成为科技型企业、整体或部分进入企业、或成为社会化服务的科技中介机构。对需保留的公益型科研机构，要调整方向、优化结构、精简人员、转变机制，分流大部分人员进入市场，开展科技开发生产经营服务活动并逐步与原科研机构分离。
鼓励科研机构进入高等学校、与高等学校合并或开展多种形式的合作。
根据各自实际情况，科研机构自主选择一种或多种模式转制为企业。要把产权制度改革作为转企建制的突破口，通过吸收法人和个人投资入股，改组为多元化投资的股份有限公司、有限责任公司或股份合作制企业。要发挥科技优势，通过联合、控股、参股、兼并、租赁、承包、出售等多种形式，与其他企事业机构组建科技企业(集团)。鼓励科研机构打破部门和区域界限重组合并。
在现有基础上择优改建、组建一批具有国内一流水平的重点实验室和研究中心，稳定一支高水平的骨干科研队伍从事应用基础研究、高新技术研究、重大行业共性技术研究和重点农业、社会公益类研究，形成具有湖北优势和特色的重点科研基地，建立“开放、流动、竞争、协作”的现代科研机构管理制度，提高自主创新能力。
政府部门所属以社会科学(含经济、文化、法律等)领域研究为主的科研机构，按照国家关于其它类型事业单位的改革部署进行改革。
深化科研机构改革的实施步骤分两阶段：
第一，2000年12月底以前，省属22个技术开发、设计类和部分具有面向市场能力的公益类科研机构完成工商注册登记，全部转制到位。
第二，2001年12月底以前，省属其它公益型科研机构完成工商注册登记转变为企业法人，或转变为非营利机构，具体政策另订。
三、配套政策措施
(一)转制的科研机构原有科学事业费以上一年财政拨款为基数继续拨付，主要用于解决转制前和转制过程中离退休人员的社会保障问题。以后年度按政策新增事业费集中使用，作为科研机构技术开发研究专项资金，由财政主管部门和科技行政主管部门共同管理，择优支持转制科研机构发展壮大高新技术产业，增强科技创新能力。
(二)转制科研机构实行企业职工基本养老保险制度，纳入当地企业职工养老保险社会统筹。从2001年1月1日起，单位和个人按省规定的比例，缴纳基本养老保险费，建立基本养老保险个人帐户。2001年1月1日前的连续工龄视同缴费年限，不再补缴养老保险费。
转制前已经离退休的人员，原离退休费待遇标准不变。对有事业费的单位，社会保险经办机构按2001年1月企业人均养老金标准支付离退休人员养老金，与原待遇标准的差额部分由原单位用事业费或自有资金支付；没有事业费的单位，由社会保险经办机构按国家规定的事业单位离退休费标准支付养老金。离退休人员的基本养老金调整按企业的办法执行，所需费用从基本养老保险统筹基金中支付。
