根据上述职责，卫生厅设10个职能处(室)：
(一)办公室
协助厅领导组织综合性政策调研，拟定卫生工作重大政策，负责综合协调机关政务和管理卫生系统外事工作，制订厅机关各项工作制度，负责、砷组织、文电处理、秘书事务、机要保密、机关财务、行政事务、新闻、资产、房产、信息、档案管理、信访以及保卫工作。
(二)人事处
研究制订卫生人才发展规划和卫生技术人员管理办法及实施意见，会同有关部门制定我省卫生人员工资福利标准，指导卫生专业技术人员的资格认定工作，负责厅机关机构编制和公务员管理。负责厅直属单位的机构编制、劳动工资、职称和专家管理，按照干部管理权限，任免厅直属单位的领导干部，负责协调卫生系统全省性表彰工作。
(三)规划财务处
研究提出卫生事业发展规划，拟定区域卫生规划和卫生资源配置标准，统筹规划与协调全省卫生资源配置，拟定卫生财务管理规章；研究提出卫生服务价格建议；拟定全省卫生装备标准；负责大型医疗设备的准入审批和许可证件的核发；负责全省卫生统计和直属单位基本建设项目。
(四)医政处
贯彻执行国务院《
医疗机构管理条例》，研究指导医疗机构改革，拟定医疗机构的发展规划、管理规定和服务标准、医务人员执业标准、服务规范；监督医疗机构的医疗质量和服务质量，依法监督管理采供血机构、单采血浆站的采供血及临床用血质量；对重大人员伤亡事件组织紧急医疗救护；审查。认可医务人员从业资格，审批核发医疗机构执业许可证和医疗广告。
(五)科技教育处
研究拟定全省重点医学科技发展规划，组织协调省级重点医药科技攻关项目，指导医学科技成果的推广与应用工作；研究拟定医学卫生技术标准、医学教育发展规划和成人医学教育管理办法；指导中等医学教育教学工作。
(六)干部保健处
负责省保健委员会确定的保健对象的医疗保健工作，负责到我省的重要领导和高级外宾医疗保健工作，管理和指导省级各部门以及地州市干部的医疗保健工作。
(七)疾病控制处(云南省爱国卫生运动委员会办公室)
拟定传染病、地方病、慢性非传染病及与公共卫生相关疾病的防治规划和措施，组织对重大传染病、地方病的综合防治、监测和疫情报告，对重大突发疫情实施紧急处置，防止和控制疫情、疾病的发生和蔓延。承办省爱国卫生运动委员会的日常工作。
(八)中医处
