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研究制定落实科技工作方针、政策的意见；研究提出我省科技发展战略和科技促进经济与社会发展的政策措施、地方性法规、规章草案；负责科技工作重大问题的调研；研究科技体制改革的总体规划和政策措施，指导科技体制改革工作；负责依法行政的监督检查；研究提出充分发挥科技人员积极性、创造科技人才成长良好环境的有关政策；管理软科学研究工作；配合有关部门开展对各地领导班子抓第一生产力的目标责任制的考核工作；负责协调中国科学院、中国工程院院士的遴选工作。
(三)发展计划处
负责编制全省科技发展的中长期规划、年度计划和重点科技攻关、应用基础研究、软科学研究、“星火”、“火炬”、成果推广、新产品试制、对外科技合作等科技发展、开发计划；负责编制科技“三项费”的预、决算，并对其使用管理实施监督；研究提出科技发展的优先领域和多渠道增加科技投入的政策措施；优化科技资源的配置；综合协调科技创新体系建设；指导科技统计工作；协调有关部门运用财政、信贷、税收等经济手段，实施对科技工作的宏观调控。
(四)条件财务处
研究提出独立科研机构的布局规划；指导科研机构改革；研究科学事业费、科研条件保障和科技财务管理的措施和办法；负责监督管理省属科研机构的事业费和其他科技专项经费；指导省属科研机构的财务管理和省级科研中试基地建设；审核省属科研机构的组建和调整；监管直属单位国有资产；负责科技期刊管理。
(五)国际科技合作处(控台湾事务处牌子)
贯彻国家对外科技交流与合作的政策措施；负责我省对外科技交流与合作事务；负责科学技术引进、消化、吸收以及科技系统的引进智力工作；负责科技援助工作；指导科技中介机构及民间团体的对外科技合作交流活动；联系我省与香港、澳门特别行政区及台湾地区的有关科技工作。
(六)高新技术发展及产业化处
研究提出高新技术发展及产业化的政策措施；组织实施工业领域重大科技攻关计划和科技创新工程以及信息、自动化、能源和新材料等领域高新技术研究发展计划；负责高新技术企业和高新技术产品的认定工作；负责管理省级高新技术产业开发区和各类园区；指导工业领域的科技体制改革和工程技术研究中心、生产力促进中心等技术服务体系的建设。
(七)农村科技处(挂四川省星火计划办公室牌子)
研究提出农村科技发展的政策措施；组织实施农业科技攻关计划和星火计划；指导、协调农村科技产业和农业科技示范基地及先进适用技术的试点、推广工作；指导科技扶贫、科技兴农和科技兴市(县)工作。
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