(一)办公室
协助管理局机关日常工作，负责会议组织、文秘、档案、新闻发布、信访、保密、保卫、机关事务及对外交流与合作等工作。
(二)药品注册处
监督实施药品的国家法定标准，拟定地方药品标准；组织新药、仿制药品、中药保护品种初审及新药的临床试验；负责药品的再评价和地方淘汰药品品种的提出，负责医疗单位制剂品种的审批；指导全省药品检验机构的业务工作。
(三)医疗器械处
实施医疗器械分类管理制度、产品生产注册制度，核发医疗器械产品注册证、生产、经营企业许可证，推行医疗器械质量体系认证和监督实施产品安全认证制度，对医疗器械的生产、流通和使用实施监督；审核医疗器械广告。
(四)安全监管处
监督实施处方药、非处方药分类管理制度；监督实施药品生产质量、中药材生产质量、医疗单位制剂管理规范和药物非临床研究质量、临床试验质量管理规范；依法监管麻醉药品、精神药品、毒性药品、放射性药品及特种药械；初审临床研究基地，负责药品不良反应监测；依法核发药品生产企业、医疗单位制剂许可证。
(五)市场监督处
研究拟定药品流通的管理办法和措施，实行药品批发、零售企业资格认定制度，依法核发药品经营企业许可证；对处方药、非处方药、中药材、中药饮片的购销和
药品经营质量管理规范实施监督；监督检定、抽验药品生产、经营和医疗单位的药品质量，发布药品质量公报；依法查处制、售假劣药品；监管中药材集贸市场；审核药品广告。
(六)政策法规处
研究拟定药品管理的地方性法规、规章；制定药品监督管理的具体措施；对药品管理法律、法规的实施情况进行监督检查；负责政策法规宣传和行政复议工作。
(七)财务管理处
管理经费、财务、装备和固定资产；监督执行药品监督管理系统财务制度；负责各项财务预、决算和经费的划拨、结算。
(八)人事教育处
负责局机关和直属单位的机构编制和人事管理工作；监督指导药品监督管理系统机构编制和人事工作；负责药品监督管理队伍的教育培训、思想政治工作和精神文明建设；实施执业药师(含执业中药师)资格认定制度，组织指导执业药师(含执业中药师)资格考试及注册工作。
四、人员编制
省药品监督管理局机关行政编制40名。其中：局长1名，副局长3名；处级领导职数16名(含机关党委专职副书记)。
