十二、实行医药分开核算、分别管理。县及县以上公立非营利性医疗机构实行药品收支两条线管理，药品收支结余全部上缴卫生行政部门，统一缴存财政社会保障基金专户，主要用于医疗成本弥补和医院发展建设、社区卫生服务和预防保健事业等。各级财政和卫生行政部门不得扣留或挪作他用。用于弥补医疗成本的资金，由卫生行政部门统一考核后合理返还。各级财政部门和卫生行政部门要严格规定资金的用途。在返还时应当考虑中医医院和精神病、传染病等专科医院的特点，给予适当照顾。
在规范财政补助方式和调整医疗服务价格的基础上，逐步把医院的门诊药房改为药品零售企业，独立核算、照章纳税。条件具备的地区要先行试点。社区卫生组织、门诊部、个体诊所除可经销由省卫生、药品监督管理部门审定的常用药和急救药外，不得从事药品购销活动。
十三、规范财政补助范围和方式。各级政府要随着经济发展逐年增加卫生投入，增加幅度原则上不低于财政支出增长的幅度。各地要按照公共财政和分级财政体制要求，根据财政部、国家计委、
卫生部印发的《关于卫生事业补助政策的意见》(财社[2000]17号)，明确政府对卫生事业发展提供资金补助的范围和补助方式，逐步建立起投资责任明确、补偿渠道规范、资源利用合理的卫生投入机制。补助范围根据政府管理卫生事务、行使卫生监督执法工作职责，以及公共卫生工作任务、基本医疗服务和事业发展需要等确定，主要包括卫生执法监督和预防保健等公共卫生服务、重要医学科研、基本医疗服务和符合区域卫生规划的基本建设和大型医疗设备购置等。补助方式采取定员定额、项目论证立项、零基预算等方法核定。对县及县以上由政府举办的非营利性医疗机构以定项补助为主，主要包括事业单位基本养老保险制度改革以前离退休人员的离退休费用、重点科学研究、医院发展建设支出和所提供的基本医疗服务项目以及由于政策原因造成的基本医疗服务亏损补贴等；对政府举办的社区卫生服务以定额补助为主，主要包括其承担的社区人口预防保健和最基本的医疗服务任务。疾病控制和妇幼保健机构的收入上缴预算外资金财政专户，实行收支两条线管理，同级财政按照其承担的责任和提供公共卫生服务的数量与质量给予补助。卫生执法监督收入纳入财政预算管理，所需经费由财政预算安排。财政部门要加强对财政资金使用的监督管理，卫生部门要按照财政核定的预算经费安排使用各项财政专项资金，并提高资金使用效益。在财政补助中尝试引入竞争机制，积极探索以竞争、招标的方式对医院进行定项补助。
十四、改革医疗服务价格管理。医疗服务实行政府指导价和市场调节价。对非营利性医疗机构提供的医疗服务实行政府指导价，对营利性医疗机构提供的医疗服务实行市场调节价。
