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研究提出卫生事业发展规划，指导全省区域卫生规划工作，统筹规划与协调全省卫生资源配置；编制卫生事业经费的预算、决算．协调、落实卫生事业经费；拟订卫生财务管理规章并监督实施；研究提出卫生服务价格建议，协同有关部门指导全省医疗卫生收费管理并监督检查；协调国外卫生贷款的利用工作，指导全省卫生基本建设，管理直属单位国有资产和基本建设；贯彻执行国家及省有关审计法律、规章，组织实施和监督检查直属单位内部审计等工作。
(四)卫生法制与监督处
研究提出卫生立法规划、地方性卫生法规、规章、技术规范标准；负责卫生行政复议和对卫生执法的监督，承办卫生行政诉讼案件的应诉和重大卫生处罚案件的听证等工作；监督管理全省传染病防治及食品、职业、环境、放射和学校卫生，组织拟订食品、化妆品质量管理规范并负责认证工作。
(五)基层卫生与妇幼保健处
研究拟订农村卫生、社区卫生服务、初级卫生保健的发展规划和服务标准；研究城市基层卫生服务体系的改革，指导农村基层卫生组织的建设；拟订妇幼卫生工作规划、政策措施和母婴保健服务技术标准；指导全省妇女保健、儿童保健业务，监督母婴保健专项技术的实施。
(六)医政处
研究指导医疗机构改革，拟订医务人员服务规范，监督医疗机构的医疗质量和服务质量，负责医疗机构和从业人员的监督管理；依法监督管理血站、单采血浆站的采供血及临床用血质量；协助市、县人民政府和有关部门对重大人员伤亡事件组织紧急救护。
(七)疾病控制处(省血吸虫病、地方病防治领导小组办公室)
拟订传染病、血吸虫病、地方病、慢性非传染性疾病及与公共卫生相关疾病的防治规划和措施．组织对重大传染病、地方病的综合防治；组织调度全省的卫生技术力量，对重大突发疫情、病情实施紧急处置，防止和控制疫情、疾病的发生和蔓延；承办省政府血吸虫病、地方病防治领导小组的日常工作。
(八)科技教育处
研究拟订省重点医学科技发展规划和管理办法；拟订基础性研究、重大疾病研究、应用研究的政策措施和项目计划并组织实施；组织协调国家和省重点医药科研攻关、指导医学科技成果普及应用工作；拟订医学教育发展规划和成人医学教育管理办法。
(九)国际合作处
组织实施与外国政府和民间双边、多边的医学卫生合作、交流。参与卫生部组织的和国际组织倡导的有关卫生方面的重大活动；负责完成卫生部交给的卫生援外任务和医务人员对外技术、劳务合作项目；负责援外医疗队的组建、培训、派遣和在境外的联络管理＿工作；承办厅机关和直属单位因公出国、出境手续。
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